北交所的運營主體北京證券交易所有限責任公司成立於2021年9月3日，股東只有壹個，即新三板的運營主體全國中小企業股份轉讓系統有限公司(簡稱“全國股轉公司”)。
從公司法的角度看，北京證券交易所是法人獨資的壹人有限責任公司，與全國股轉公司的關系是子公司與母公司的關系。