1，不同適用對象:預付款保函適用於承包商向業主提供；預付款退款保證適用於供應商向買方提供的款項。
2.擔保內容不同:預付款擔保的擔保內容是業主根據合同向承包商支付的預付款確實用於項目的實施；預付款退還擔保的擔保內容是，如果申請人不履行與受益人的合同義務，不退還或償還受益人預付和支付的款項，銀行將把款項退還給受益人。