1.疑似環境汙染:碼頭運營存在非法傾倒廢棄物、排放汙水等環境汙染問題，廣州市政府多次下發整改通知書，要求對環境汙染問題進行整改，但未得到有效改善。
2.許可證過期:碼頭港口經營許可證於2022年9月8日到期，未申請續期。根據《中華人民共和國行政許可法》第七十條規定，現依法註銷該碼頭港口經營許可。
請註意，以上是廣州健翔碼頭停止運營的可能原因。具體原因請咨詢碼頭相關負責人或查看官方通知。