1.公司區別:北京地鐵隸屬於北京地鐵總公司，是北京市政府直接管理的地鐵運營主體；京港地鐵由北京市基礎設施投資有限公司、北京首都創業集團有限公司和香港地鐵有限公司三家不同股權結構和管理體制的公司組建。
2.運營線路的區別:北京地鐵包含很多運營線路，包括地鐵2號線、10號線、19號線等17條運營線路，覆蓋北京主要區域；目前京港地鐵包含的運營線路相對較少，有4號線大興線、17線、16線、14線。