1，性質不同:免除刑事處罰的對象是已經構成犯罪，但犯罪情節輕微，不需要處罰的人；不起訴的對象包括不構成犯罪，指控犯罪證據不足或者存疑，犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處或者免除刑罰的人。
2.作出機關不同:免予刑事處罰由法院作出，不起訴決定由檢察院作出。
中華人民共和國刑法
第三十七條
非懲罰性措施對犯罪情節輕微，不需要處罰的，可以免予刑事處罰，但可以根據案件的不同情況，予以訓誡或者責令具結悔過、賠禮道歉、賠償損失，或者由主管部門予以行政處罰或者行政處分。
第37-1條禁止就業規定，因利用職務之便實施犯罪或者實施違反其職業所要求的特定義務的犯罪被判刑的，人民法院可以根據犯罪情況和防止再次犯罪的需要，禁止其自刑罰執行完畢之日或者假釋之日起從事相關職業，期限為三年至五年。
被禁止從事相關職業的人員違反人民法院依照前款規定作出的決定的，由公安機關依法處罰；情節嚴重的，依照本法第三百壹十三條的規定定罪處罰。
其他法律、行政法規禁止或者限制其從事相關職業的，從其規定。？