卷入南都案
廣州市人民檢察院於2004年3月17日以程益中涉嫌經濟犯罪問題名義立案偵查；3月19日對其刑事拘留；4月1日實施逮捕。廣州市人民檢察院稱，在查處原南方都市報副主編喻華峰貪汙壹案中，發現原南方都市報副總編程益中等人私分公款。程將其中10萬元占為己有，已涉嫌構成貪汙罪。另外還涉嫌其他經濟犯罪問題。
但根據2005年5月14日，香港電臺電視部的節目《動感時事》對前《南方都市報》記者陳峰的訪問，程益中的貪汙指控中所涉及的10萬元其實是報社的獎金，是程益中在報社內完全合法的收益。
同年8月27日，廣州東山區檢察院以證據不足為由，對程益中下達不起訴決定書，使其獲釋。按照法律，該決定書可以看成是檢察院認定的無罪判決，等於宣告程益中無罪。
有觀點認為，此事可能與2003年該報關於SARS事件和孫誌剛事件的報道有關。前壹報道揭開了中國全國性防治、撲滅SARS的序幕，後壹報道揭露了收容遣送制度踐踏人權的黑幕，導致中國國務院相關政策的改革、出臺。
程益中：我的申訴
（在2004年10月28日南方都市報支部黨員大會上的發言）
各位黨員：
根據中***廣東省直屬機關紀律檢查工作委員會[2004]29號《關於給予程益中開除黨籍處分的決定》，這是我最後壹次參加南方都市報支部會議，是我最後壹次履行中國***產黨黨員權利、責任和義務，也是我最後壹次以南方都市報工作人員身份參與活動。我被這個《決定》非法和非正常地剝奪了中國***產黨黨籍和南方日報社行政職務。我受到赤裸裸的、惡毒的政治迫害。中國***產黨將失去壹個難得的好黨員，南方日報報業集團和中國新聞界將失去壹個傑出的人才。
中***廣東省直屬機關紀律檢查工作委員會[2004]29號《關於給予程益中開除黨籍處分的決定》，不僅違背了《中國***產黨章程》、《中國***產黨紀律處分條例》和剛剛頒布的《中國***產黨黨員權利保障條例》，而且無中生有、歪曲事實、小題大做、漏洞百出。這是壹份欲加之罪、何患無詞的文件，是壹份充滿敵意、用心險惡的文件。在十六屆四中全會剛剛召開之際，在中國***產黨強調要提高執政能力和執政水平的形勢下，中***廣東省直紀工委的這個《決定》，與政治文明背道而馳，與依法治國的大政方針背道而馳。
我強烈要求有關部門撤消中***廣東省直屬機關紀律檢查工作委員會[2004]29號《關於給予程益中開除黨籍處分的決定》。我將壹直申訴，直到這個錯誤的《決定》被撤消、作惡者得到懲處、正義得到伸張。
壹、中***廣東省直屬機關紀律檢查工作委員會[2004]29號《關於給予程益中開除黨籍處分的決定》完全違背了中***黨的組織程序和組織原則，在程序上完全站不住腳，違背程序正義。
1、《中國***產黨章程》第四十條規定，“對黨員的紀律處分，必須經過支部大會討論決定，報黨的基層委員會批準；如果涉及的問題比較重要或復雜，或給黨員開除黨籍的處分，應分別不同情況，報縣級或縣級以上黨的紀律檢查委員會批準。在特殊情況下，縣級和縣級各級黨的的委員會和紀律檢查委員會有權直接決定給黨員以紀律處分。”
中***廣東省直紀工委對我的《處分決定》，沒有經過南方都市報支部大會討論，也沒有經過南方日報機關黨委和紀委討論，那麽應該屬於“特殊情況”。有什麽不可告人的“特殊情況”呢？根據《中國***產黨章程》賦予黨員八條權利的第（八）條，黨員有權利“向黨的上級組織直至中央提出請求、申訴和控告，並要求有關組織給以負責的答復”，本人現向省直機關紀工委請求，對這壹“特殊情況”予以答復。
事實上，據南方日報報業集團老領導反映，這個《決定》創造了壹個記錄：我是中***廣東黨史上唯壹的被省直紀工委直接開除黨籍的非省管幹部。
2、《中國***產黨章程》第四十壹條規定，“黨組織對黨員作出處分決定，應當實事求是地查清事實。處分決定所依據的事實材料和處分決定必須同本人見面，聽取本人說明情況和申辯”。在廣東省直紀工委作出處分決定的前前後後，省直紀工委沒有派人到南方都市報進行核實，處分決定所依據的事實材料和處分決定始終都沒有同我本人見面，也始終沒有聽取我本人的任何情況說明和申辯。
3、中***中央剛剛頒布的《中國***產黨黨員權利保障條例》第二十條規定，“黨組織作出重要決議、決定前，應當以適當方式在壹定範圍內征詢黨員意見。對於多數黨員有不同意見或者存在重大分歧的，暫緩作出決定，進壹步調查研究，交換意見，提交下次會議表決”。而對於開除我黨籍和建議撤消行政職務這樣關系到壹個人政治生命和人生前途的重大決定，本人所在的支部沒有壹個黨員知情，而我的上級黨組織南方日報報業集團黨委也明確表達了反對的意見。
4、《中國***產黨黨員權利保障條例》第二十二條規定，“處分決定應當寫明黨員享有的申訴權以及受理申訴的組織等內容”，而中***廣東省直紀工委對我的《處分決定》文件上，並沒有寫明這壹點。
5、《處分決定》的最後部分寫到：“經省委宣傳部部長會議討論、省直紀工委建議並報省直工委批準，決定給予程益中開除黨籍處分”。按照黨員管理權限，我的組織關系在南方都市報黨支部，並非在省委宣傳部,而且省委宣傳部部長會議並非壹級黨組織的會議，無權對壹名基層黨員作出紀律處分的決定。
另外，10月22日中午12時我簽收了這個《決定》，27日發出這個決定的機關又派人慌慌張張地來到南方日報報業集團收回這個決定，人們都以為是他們要主動糾正這個錯誤的荒唐的《決定》，原來卻是有幾處明顯的事實日期差錯和可笑的文字書寫差錯必須修改重印。對開除壹名黨員黨籍、事關壹名黨員的政治生命和政治前途的重大決定，如此輕率、倉皇，成何體統！
二、中***廣東省直屬機關紀律檢查工作委員會[2004]29號《關於給予程益中開除黨籍處分的決定》中，對於我所謂的錯誤認定，完全是無中生有、歪曲事實、混淆是非、小題大做，是絕對不能成立的。
1、所謂的私分58萬元公款的問題。這個問題已有公論，我不想再做理論了。我只想提醒各位：假如這個指控成立，我今天也就不會站在這裏發言而是在監獄服刑了，我就會像他們希望的那樣“身敗名裂家破人亡”了。我只想指出《處分決定》中關於這個問題表述的諸多矛盾和破綻。譬如處分決定的第二段寫道：“檢察機關經依法審查後認為，程益中涉嫌參與私分公款58萬元，自己分得10萬元部分由於現有證據尚不符合起訴要求，故依照《中華人民***和國刑事訴訟法》第壹百四十條第四款之規定做出存疑不起訴處理。不起訴後如果檢察機關調取到新的證據，仍可對該犯罪事實提起公訴。”我不知道《處分決定》引用的是哪裏出版的《中華人民***和國刑事訴訟法》？我查到的《中華人民***和國刑事訴訟法》第壹百四十條第四款的完整內容是：“對於補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴的決定。”而廣州市東山區人民檢察院2004年8月27日下發給我的《不起訴決定書》也明明寫的是：“被不起訴人程益中涉嫌與他人***同貪汙公款人民幣580000元、自己分得人民幣100000元的事實證據不足，不符合起訴條件。依照《中華人民***和國刑事訴訟法》第壹百四十條第四款之規定，決定對被不起訴人程益中不起訴。” 這裏面都並沒有《處分決定》所援引的任何字眼和內容，處分決定所謂的“存疑不起訴”、“不起訴後如果檢察機關調取到新的證據，仍可對該犯罪事實提起公訴”等等，明顯帶有威脅當事人的意圖。繞來繞去，貪汙罪指控搞不定了，處分決定退求其次，不問三七二十壹，法外認定在這個問題上，“程益中的行為已構成私分公款錯誤”雲雲。這完全是壹派胡言。
2、關於所謂的報銷旅遊費7545元的問題。《處分決定》有意忽略了壹個關鍵問題：我帶家屬休假旅遊及報銷費用行為發生的時間，是在《南方都市報幹部休假獎勵方案》頒布生效之前還是之後？這是問題性質的根本所在。我帶家屬休假旅遊的時間是2003年8月7日-11日，而《南方都市報幹部休假獎勵方案》頒布生效的時間是2003年8月6日，並且根據這個休假獎勵方案，我可以報銷8000元額度的家庭休假旅遊費用。妳管得著嗎！至於幫我代辦報銷手續的辦公室工作人員和財務記帳人員寫成以另外的名義報銷，完全是壹個與我無關的技術性差錯，改過來就行了；而檢察院卻非要自欺欺人地認定這是貪汙，處分決定卻非要小題大做地認定我“負有不可推卸的領導責任”。南方都市報所有員工都可以享受都在享受的休假獎勵，為什麽偏偏他們的領導卻不可以？道理何在？公理何在？
3、關於所謂的報銷醫藥費8303.94元的問題。這是令人寒心的問題，《處分決定》還丟人現眼地把這個問題拋出來，實在令人冷齒！我當年累倒在工作崗位上，差壹點把命都搭上了。整個南方報業人盡皆知。我住院的所有手續，包括辦理入院、出院、費用結算及帳目報銷，都由南方都市報辦公室工作人員操辦；出院後，南方都市報行政和財務部門的領導和分管南方都市報的集團領導做主，把我住院自負的醫藥費部分8303.94元，按照規律也在南方都市報年終獎金結余中報銷了。南方都市報員工重大疾病沒辦法享受公費醫療和因公負傷住院的，所花費用也都是從年終獎金節余款中出帳的。大家只要看壹看《處分決定》中對於這個問題的表述，就很容易明白，於法、於紀、於情、於理，這都不是壹個問題。《處分決定》在這個問題上強詞奪理、強加於人的做法太過分、太露骨了，怎麽好意思說得出口？王××，妳他媽的真無恥啊！
另外，這裏面的破綻和漏洞也極為明顯的。譬如處分決定的第二段寫道：“對程益中涉嫌貪汙醫療費和旅遊費的事實，檢察機關認為事實清楚，證據確鑿，可以認定為貪汙犯罪。但因其犯罪情節輕微，檢察機關依照《中華人民***和國刑事訴訟法》第壹百四十二條之規定，做出相對不起訴處理。”而《中華人民***和國刑事訴訟法》第壹百四十二條的完整內容是：“對於犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。”這裏並沒有處分決定所謂的“相對不起訴”壹說，廣州市東山區檢察院2004年8月27日發給我的《不起訴決定書》也沒有“相對不起訴”壹說。
廣州市東山區人民檢察院8月27日向我發出《不起訴決定書》的時候，我要求他們作如下筆錄大意：“我對廣州市東山區人民檢察院對我作出不起訴決定表示接受，但對於我所謂貪汙旅遊費和醫藥費合計人民幣15848元的輕微犯罪的認定，我覺得與事實不符，完全不能成立，我完全並絕對不接受！”我還說，我能夠理解檢察院的良苦用心，這樣做不就是為了給妳們自己找壹個臺階下嘛。
再譬如《處分決定》第二段說，“鑒於程益中的行為已構成貪汙犯罪，且被司法機關依法定程序作出有罪處理”，這完全是無中生有。我並沒有被法院起訴，更沒有經過法庭宣判，而《中華人民***和國刑事訴訟法》也明確規定，任何人未經法庭宣判都不能定為有罪，《處分決定》中所謂的我“被司法機關依法定程序作出有罪處理”的說法，純屬造謠惑眾，不僅荒誕不經，而且卑鄙可恥。
緊接著處分決定又說，“依照《人民檢察院刑事訴訟規則》第二百九十壹條‘對被不起訴人需要給予行政處罰、行政處分或者需要沒收其違法所得的，人民檢察院應當提出檢察意見，連同不起訴決定書壹並移送有關主管機關處理’有關規定，廣州市檢察院建議給予程益中黨紀、政紀處分。”而《人民檢察院刑事訴訟規則》的第二百九十壹條中根本未提及“黨紀處分”，並且檢察院無權提出這個建議。
綜上所述，中***廣東省直屬機關紀律檢查工作委員會[2004]29號《關於給予程益中開除黨籍處分的決定》是完全錯誤的，必須予以改正。
各位黨員，黨教導我們要堅持真理、實事求是，黨註重民主集中制的組織原則，黨提倡批評和自我批評的風氣，黨正在加強黨內監督和權力制衡。
我控告，對於我的這個處分決定，有挾私報復、打擊迫害的嫌疑。對我長達160天的非法拘禁剛剛結束，我和我的家人還沒有從巨大的傷害中恢復過來，為了顧全大局和地區形象，我和我的家人聽從組織上的建議，忍辱負重，默默承受不公和苦難，寄希望於進步的中國和未來，寄希望於時間之河的流淌和洗涮，從而沒有采取任何捍衛自身人權和利益的措施，也沒有提出追究有關人員法律責任和申請國家賠償的要求。然而對於我的不公和迫害還在繼續，在法律制裁未遂的情況下，政治打壓和組織處理繼之而來。許多朋友都在為我和我家人的安全和利益憂心忡忡，為我和我家人遭到的各種困擾憤憤不平；我還勸慰他們，要相信現在畢竟不是文化大革命年代了，要相信中國現在的政治文明。
然而，面對廣東省直紀工委的處分決定，我不禁要問：黨紀國法乃是國家之大公器啊，不是哪個個人的拐杖和棍棒，為什麽非得要搞垮壹個優秀的***產黨人？為什麽非得要搞垮壹個傑出的報紙總編輯？為什麽非得要搞垮壹個好人？為什麽凡是人民群眾喜歡的有人就不喜歡？在南方都市報工作10年來，我始終以對黨和人民高度負責任的精神，兢兢業業，紮實工作，奮發圖強；心存遠大理想，嚴格要求自己，毫無私心雜念；把南方都市報辦成了壹張真正實踐三個代表重要思想的報紙楷模。是非功過，自有公論。歷史是人民寫的，歷史是時間寫的。
在告別之際，我懇請各位黨員和我所在的黨組織給我壹個實事求是的評價和結論，懇請有關部門還我公道，還社會正義。
謝謝妳們！