2.針對1996刑事訴訟法修改引入對抗制，以及我國證人出庭率極低的現狀，古永鏘教授在1999撰文指出，所有證人出庭作證既不可能也沒有必要，我國應建立關鍵證人出庭作證制度。
3.圍繞司法公正的含義，古永鏘教授分別在2001和2002年撰文指出，案件之間的相互比較和協調是刑事司法實質公正的重要方面，刑事審判活動應當高度重視這壹問題。
4.2004年，針對刑事辯護尤其是審前程序在理論與實踐、立法與司法中存在的問題，古永忠教授撰文指出，辯護權從根本上說是每個公民的權利；辯護不僅僅指實體性辯護，還包括在刑事訴訟過程中保護犯罪嫌疑人、被告人的人身權利和訴訟權利不受侵犯，因此指出“從審判中的辯護到偵查中的辯護”同年，古永忠教授還承擔了國家社科基金項目:刑事辯護的國際標準與中國刑事辯護制度研究，成果發表在《刑法評論》2005年第16卷。
5.2005年，針對我國刑事偵查活動中存在的諸多問題，古永鏘教授積極組織並參與了建立犯罪嫌疑人律師在場訊問、錄音錄像制度的試點活動，結合我國實際，迫切需要在壹定範圍內建立犯罪嫌疑人律師在場訊問、錄音錄像制度。
6.結合刑事辯護律師的執業經驗，根據中國的實際情況和聯合國的相關刑事司法標準，古永忠教授於2006年對刑事辯護制度的現狀進行了全面的分析和評價；在此基礎上，提出了改革和完善我國刑事辯護制度的系統思考和主張，包括加強死刑案件辯護的具體意見和建議。
7.繼2005年中國政法大學訴訟法學研究中心與北京市公安局海澱分局、河南省焦作市公安局解放分局、甘肅省白銀市公安局白銀分局合作，在這三個基層公安機關開展了“建立訊問犯罪嫌疑人律師在場、錄音錄像制度(試行)”項目。2006年7月至8月，調研組分成四個小組，分赴浙江、黑龍江、安徽、新疆等四省開展偵查訊問程序改革的調研活動。研究結果發表在2007年第四期和第五期《中國律師》上。此外，古永忠教授還承擔了最高人民檢察院委托的“二審檢察官出庭問題研究”重大項目，研究成果分別發表在《檢察日報》(2008年4月28日)、《中國司法》(2008年第10期)。
8.2007年，古永忠教授對我國附條件不起訴制度的構建進行了深入思考。他從附條件不起訴案件與被告人認罪案件的關系、附條件不起訴制度的意義以及建立附條件不起訴制度的必要性和正當性等角度進行了邏輯分析。在我國建立附條件不起訴制度勢在必行。
9.2008年6月1日，新《律師法》正式實施，但司法實踐中存在諸多問題亟待解決。為了解決這壹問題，古永鏘教授首先從辯護律師維護社會公平正義的社會責任談起，然後引申到我國辯護制度改革和完善的迫切需要，重點是加強審前程序中辯護律師權利的保護。