1.協助海關領導處理日常事務，協調海關各部門的工作；
2 .負責信訪綜合治理和重要接待事務的協調管理；
3.海關總署的職責工作和關區保密、安全、保衛的職能管理；
4.管理關區的外事工作，負責外事聯絡和接待，辦理海關代表團駐外使團的設立手續；
5.負責關區的政府信息工作和對外宣傳工作；
6.研究全省口岸開放、規劃和管理工作，承擔全省非口岸地區臨時開放的審批和口岸單位的聯絡協調工作；
7.監督、檢查、指導關區貫徹執行國家和海關總署的方針、政策、法律、法規和各項業務規定；
8.負責重大行政行為的預審、備案、跟蹤管理，為關區重大事項決策提供政策法律咨詢，協調辦理涉外法律事務和宣傳咨詢；
9.負責行政申訴、行政復議、行政訴訟和行政賠償。
10.指導和監督本關區知識產權海關保護工作，承擔涉嫌侵權案件的調查處理和侵權貨物的處置；
11.組織實施和監督管理貿易管制政策，對貿易管制措施的實施進行風險分析；負責關區軍品出口管理，設有海關處和加工貿易管理處，履行關區稅收征收、保稅加工、保稅物流等管理職能。
(1)稅收征管
1.評估管理功能
制定和調整關區二級價格風險參數；辦理並上報價格專業鑒定；指導和服務各項業務的現場價格審核；對本關區進出口貨物價格進行跟蹤核查。
2.分類管理功能
組織實施分類總局的規章制度和分類決定，對商品分類進行技術指導和監督，研究處理商品分類中的疑難問題，必要時實施專業鑒定；接受預分類申請並做出預分類決定。
3.產地管理的功能
研究機構協調關稅區原產地標準的實施和專業認定。
4.減免稅管理功能
組織管理關區具體減免稅審批工作，承擔減免稅貨物的後續管理和審批工作。
5.其他稅收征管職能
辦理減征或免征滯納金申請的審批手續，辦理政策性退稅的審核申報手續；
負責本關區商品檢驗鑒定實施情況的監督和反饋；
負責管理關區內走私違法物品的偷稅漏稅行為；
組織並配合國務院車輛特征驗證辦公室開展關區車輛特征驗證工作；
負責網上納稅在關區的推廣和實施；
負責進口軍品的審批。
(二)保稅監管部分
1.組織實施對關區內保稅加工和保稅物流業務的海關監管，並對監管工作進行檢查、監督和評估；
2.協調跨境保稅監管業務；
3.按規定檢查並及時調整本關區保稅加工企業的物料消耗和損耗標準；
4.負責指導保稅物流中心、出口加工區等保稅特殊監管區域或場所的設立、審核、變更和運行。總監壹級設有物流監控部和抽查部，履行物流監控、查驗管理、通關管理、郵遞物品監管等職能。
1.負責組織、協調、監督、指導進出口貨物監督檢驗、通關管理、物流監控、行李物品監管等行政許可事項的實施，研究制定關區相關業務具體操作規範；
2.負責海關口岸和監管場所的職能管理，組織各類海關監管場所或非口岸地點臨時海關監管點設立的審核驗收；參與口岸開放驗收；
3.負責關區進出口貨物查驗職能管理，組織實施監管場所、運輸工具和貨物的實際查驗、控制和檢查；
4.開展關區通關監管風險分析和預測；負責海關檢查和扣押的分析和評估；
5.負責關區進出口貨物通關的職能管理；
6 .負責關區內實施便利通關措施企業的審批管理；組織實施敏感物項出口管制的快速調查和控制以及通關突發事件的處置；
7.負責海關過境運輸和艙單的職能管理；
8.負責關區內過期貨物、直接退運貨物、臨時進出口貨物的審批和職能管理；
9.負責關區監管設備的功能管理，組織實施監管技術設備需求審核報告和總局調撥監管技術設備的使用管理；
10.負責關區監管進出境行李物品和郵遞物品的職能管理；組織研究、協調、監督和指導關區郵政監管業務發展；
11.負責外國駐華使領館和國際組織駐華機構、關區外國常駐商務機構和非居民長期旅客、我國駐外外交商務機構及其人員和其他長期境外人員進出境車輛和公私用品的審批、備案和登記；
12.負責涉外展覽、展示、會議、文化、體育、科技交流等活動暫時進出境物品的審批和管理；
13.負責關區進出口貨物監管通關和郵遞物品監管的檢查、監督和指導；組織相關作業的監控、審核、績效分析和評估；
14.負責海關通關和郵遞物品監管改革項目的業務和技術方案、通關模式、操作流程的研究論證、組織協調、研發推廣；
15.負責與進出口貨物監管通關和郵遞物品監管職能相關的其他工作。在部門層面，執行文件審核操作和文件審核功能的管理職能。
1.負責組織、協調、監督、指導本關區進出口貨物申報、單證審核、單證查驗等相關行政許可事項規章制度的實施，研究制定本關區相關業務的具體操作規範；
2.負責單證審批操作的渠道管理，維護關區電子單證審批及相關輔助決策參數；
3.負責進出口報關單申報功能的管理，協助報關員的申報和考核；組織實施報關標準化管理；
4.負責單考、現場接單審核、稅收征收過程中疑難問題的集中報送、分發、反饋管理，以及職能部門的監控、聯系事宜，根據職能部門的專業認定決定進行處理；
5.負責關區內緩繳、保證金、保函的職能管理，按照規定權限辦理緩繳、免繳手續及保證金、保函的審核、審批和劃轉申請；負責受理和辦理關區非政策性退稅申請的審批和申報手續；
6.負責組織、協調和指導報關單的認證管理工作；
7.負責與崗位職責和文件審核管理相關的其他工作。在司長壹級，有壹個統計部門，履行貿易統計、商業統計和統計分析的監督職能。
1.執行海關統計制度和海關業務統計制度，編制本關區進出口貿易統計和海關業務統計；
2 .負責海關統計數據庫數據的審核、上報和維護、管理；
3.收集、審核、編制進出口貿易統計數據，開展海關業務統計分析，對本地區進出口運行狀況、重點敏感商品進出口動態、加工貿易和保稅倉庫進出口貨物流向、國家相關貿易管制措施落實情況進行動態監測和預警分析；
4.實施統計監管，開展業務數據監測分析、宏觀風險分析和執法評估分析；
5.管理和發布本地區進出口貿易統計數據，管理和提供海關統計咨詢服務；
6.監測本省進出口貿易運行情況，撰寫進出口和海關業務統計分析報告；
7.開展統計業務培訓。在級別上，有壹個分支機構和兩個分支機構，履行檢查和企業管理職能。
(1)檢驗工作
1.行使行政執法權，負責制定關區年檢工作的重點和工作計劃，對關區稽查工作進行監督、檢查和指導；
2.開展壹般貿易貨物的稅後檢驗、加工貿易貨物的核銷檢驗和減免稅貨物的批後檢驗；
3.開展旨在規範企業進出口行為的例行檢查，引導企業守法自律；
4 .負責組織實施總局下達的專項和常規檢查任務；
5.負責組織、指導、協調和檢查通關區域的專項檢查工作和聯合行動；
(2)企業管理
1.負責報關單位註冊登記、異地備案、變更和註銷的職能管理；
2.負責報關員註冊、備案、變更、註銷、撤銷等日常工作的職能管理；
3 .負責實施報關員資格處罰的規章制度並檢查執行情況；
4 .負責建立和維護海關信用企業檔案數據庫，對企業實施信用管理；
5.負責關區企業分類管理，承擔企業分類管理委員會的辦公工作；
6 .負責對報關單位和報關員實施風險控制；
7 .負責“信用安徽”海關建設的相關工作。在這壹級，有風險管理部門和風險分析部門來執行風險分析和風險管理職能。
1.根據總署制定的風險管理制度，制定相關工作規範和細則並組織實施，指導和協調關區風險管理工作的開展；
2.承擔海關總署風險管理委員會辦公室的工作，研究制定關區風險管理的工作規劃、管理措施、工作制度和實施方案，並組織實施；
3.負責指導、檢查和協調關區風險信息工作，管理風險信息發布；
4.負責關區風險管理平臺的管理和維護；
5.組織協調風險分析、監測和研究，提出階段性風險管理的重點和具體措施；
6.研究組織企業或行業的合規計量和商品風險計量，組織協調相關部門對特定企業開展合規評估；副廳級，包括辦公室(正廳級)、政治部(正廳級)、偵查處(正廳級，包括偵查壹科、偵查二科、緝私科)、法務部(正廳級，包括審判科)、信息技術部(正廳級)、監察部(正廳級)、蕪湖海關緝私分局(正廳級，包括辦公室、偵查科、緝私科)1。研究提出關區反走私工作計劃並組織實施，負責分析關區反走私形勢；
2.管理和指導關區刑事執法工作，查處轄區內的走私犯罪；
3.管理和指導關區行政案件的查處工作，查處轄區內的行政案件；受理對緝私部門具體行政行為的申訴案件；
4.受理管轄範圍內的刑事賠償案件和刑事申訴案件；管理、指導和辦理緝私部門的治安處罰及其復議、應訴工作；
5.負責開展和歸口管理關區反走私情報工作；
6.負責關區緝私警力管理、裝備管理、警務督察、紀檢監察工作；
7.承擔安徽省反走私領導小組辦公室的工作，負責關區反走私綜合治理的日常工作；承擔各地、各部門、海關系統反走私綜合治理的組織、指導、協調、監督和檢查工作；組織推動與相關部門、行業協會、大型企業簽署反走私綜合治理合作諒解備忘錄；
8.負責禁毒、整頓和規範市場經濟秩序(知識產權除外)、掃黃打非、打擊關區假幣等工作。層級上設有通關作業部和網絡通信部，履行關區科技工作的管理職能。
1.負責通關作業及其他海關業務信息管理系統和跨部門(關區)聯網項目的運行管理、技術支持和安全管理；
2.確保網絡通信系統的正常運行，實施安全管理；
3 .負責關區科技項目的規劃和管理；
4.負責信息系統安全管理；
5.編制關區科技設備和科技經費的需求計劃，制定設備采購和分配計劃。層級上有綜合部門、資金管理部門和稅費管理部門，履行財務管理職能。
1.負責制定資金(含緝私局經費)收支、稅費繳納、基建、固定資產和罰沒物資管理的綜合規劃、各項財務管理制度和辦法，並組織實施；
2 .負責審核、編制和匯總關區的預算、決算和會計報表；負責各類預算的申報、分配、調度和管理；
3.負責各種稅費、罰沒收入、未結算價格、保證金、抵押金、風險保證金的財務管理和核算；負責關區內各種行政事業性收費和票據的管理；
4.負責關區固定資產的計劃申報、分配和處置，進行本級固定資產核算和固定資產清查；
5.負責關區國庫集中支付；
6 .負責本級緝私警察經費的財務管理和會計核算；
7.負責監督、檢查和指導海關及直屬機構的財務工作；
8.負責本關區內罰沒財物的保管和關區內罰沒財物的出售和處置；層級上有人事部門和工資教育部門，履行幹部人事管理和教育培訓管理職能。
(壹)幹部人事管理職能
1.負責貫徹《海關系統國家公務員和其他工作人員管理辦法》，提出相應措施並組織實施；
2 .按照幹部管理權限，負責各級領導幹部和非行政領導幹部的選拔、考察、考核和任用；
3.負責關區內海關機構和編制的管理；
4 .負責編制年度公務員錄用和海關院校招生計劃，組織實施公務員考試；
5 .負責各類人員調動、軍隊轉業幹部安置和大中專畢業生派遣工作；
6 .負責實施海關總署專業技術人員管理辦法，組織專業技術人員技術職稱和資格的評審和推薦工作；
7.負責執行國家、地方和海關總署的工資福利政策；
8.負責海關公務員、工人退休、退職的審批手續，負責合肥海關退休幹部、工人的日常管理工作；
9.負責海關工作人員因公或因私出國的政治審批，以及國家安全教育的相關工作；
10.負責研究和解釋幹部人事管理政策，接待和處理人事工作來信來訪；
11.負責受理公務員考核、晉升、降職、辭退和勞動爭議的復議、復核；
12.根據海關職稱條例，負責組織實施海關公務員職稱的評定、批準、調整和授予工作；
13.負責與省、合肥市組織人事部門的溝通，負責合肥海關計劃生育領導小組辦公室的工作。
(二)教育和培訓管理職能
1.研究制定教育培訓計劃，監督、檢查、指導、協調和組織教育培訓；
2.負責組織報關員資格全國統壹考試和報關員考前培訓，承擔報關員資格考試領導小組辦公室工作。
機關黨委辦公室
在層面上，履行思想政治教育管理職能。在層級上，履行關區紀檢、監察、監察(審計)管理職能，與駐署紀檢組、監察局、總署監察內審司相銜接。
(1)行政監督職責
1.協助海關領導小組組織協調本海關的黨風廉政建設和反腐敗工作，檢查指導下屬單位黨風廉政建設責任制的落實情況；
2 .監督檢查海關各單位、黨員和工作人員貫徹執行黨和國家的路線、方針、政策和上級決議的情況；
3.監督檢查黨風廉政建設責任制落實情況、關(警)務公開情況、黨員及其工作人員廉潔自律守法情況；
4.負責受理並初步審查涉及各級黨組織和黨員違反黨紀、政紀的舉報和投訴，受理黨員和行政監察對象不服處分的投訴；
5.開展職務犯罪預防和廉政教育；
6.負責糾正具有海關行業特點的不正之風；
7.開展行政監督；
(二)檢查員的職責(審計)
1.指導和協助有關部門建立健全海關及隸屬海關經濟活動內部控制制度，並對其進行有效監督、檢查和評價；
2.對海關部門和海關行政執法、財務收支活動進行日常檢查和專項檢查，並制作檢查報告；
3.對海關資金、預算外資金、走私手續費、稅收征管、罰沒收入、基礎設施、專項資金、外匯等財政財務收支進行審計和專項審計調查，並作出審計報告；
4.組織海關關長任期經濟責任審計；
5.聯系、組織、協調接受外部審計，向上級監管部門報告外部審計情況，組織海關及所屬海關執行審計署的審計決定。局長級下設綜合科、通關科、監管科、核銷科，負責轄區內(合肥、六安、淮南、巢湖、滁州)進出口貨物、物品、運輸工具、轉關貨物的申報、通關及實際監管手續，加工貿易備案、核銷，進出口減免稅備案、審批及後續管理，屬地調查檢查業務。
1.負責海關監管場所的實際監管；辦理轉關貨物的報關、訂單審核/收稅、放行、核銷手續；
2.辦理企業加工貿易合同備案、中期核銷、保稅貨物異地加工、結轉(調撥)、後核銷等業務的審批手續；
3.為我國各類機構、港澳臺機構及其人員辦理公私物品、暫準進出境物品、友好往來捐贈物品的出入境驗放手續；
4.辦理進出境行李物品、郵遞物品及相關海關監管業務；受理免稅外匯商品經營單位購買商品的申請，辦理商品出入庫監管核銷手續；辦理出入境旅客在免稅店購買商品的征免稅驗放手續；
5.受理轄區內企業和報關員的海關註冊登記和審核申請；受理轄區內運輸企業承運海關監管貨物、設立海關監管場所的申請，辦理相關手續，並負責日常管理；
6.受理轄區內企業(單位)的進出口貨物減免稅申請，並辦理相關手續；
7 .能開展屬地業務的調查和檢查；負責轄區內走私違法案件的稅款計算和核定；
在蘿崗機場辦公室
正處級，負責合肥駱崗機場客貨運海關監管。中國電子口岸數據中心合肥分中心、合肥海關服務中心、合肥海關黃山教育培訓中心等合肥海關所屬機構的職責分工另行規定(見《合肥海關所屬機構職責分工規定》)。
安徽省海關學會、安徽省報關員協會籌備組等主管合肥海關的社會團體的職責，參照海關總署有關規定，參照中國海關學會、中國報關員協會章程，制定合肥海關章程確定。