除行政長官外，香港特別行政區政府的行政部門由三層架構組成，第壹層是司長，第二層是政策局，統稱為“三司十三局”，第三層是各部門。此外，少數機構，如廉政公署、申訴專員公署和審計署、行政長官辦公室和國家安全委員會，都是行政長官直屬的。
律政司負責香港特別行政區政府的法律事務，包括提出大部分刑事檢控、草擬香港政府提出的所有法律草案，以及向香港政府提供法律意見。律政司沒有政策局。司法部長是律政司司長，他是行政長官的首席法律顧問。
保安局是民政事務局局長轄下的政策局之壹。其主要任務是維護香港公共秩序，包括治安、出入境、海關、監獄、消防、救護等。早在英國殖民時期，英國人就設立了維護香港治安的防務部門，部門負責人被稱為防務部門。1973，國防科改名為政府總部保安科，部門首長改名為保安局局長。1997 7月1日，香港回歸後，保安科改名為保安局，成為民政事務局局長轄下的政策局，改名為政府總部。現任局長李家超曾擔任警務處副處長(管理)，是第壹位有警隊背景的保安局局長。
香港警務處是保安局轄下的部門之壹。在英國殖民時期，警察部隊的英文名稱是香港警察部隊。在警察部隊的壹些官方文件中，也使用了警察署。中文名字並不固定。有時翻譯成總逮捕部，有時翻譯成香港警察總部。1935，警隊正式命名為香港警隊，香港警隊和香港警隊均用作別稱。
警務處處長是香港警隊的最高首長，而香港警隊所有人員，俗稱“壹哥”，是香港警隊職級中的最高職級。因為早些年香港政府負責翻譯的人每次都不壹樣，警察局長的官方中文翻譯也不壹樣。出現在政府檔案中的中文譯名有總緝捕官、警察總長、香港警察等。1909，官方名稱首次定為香港巡道；1917年更名為警察署；1930，改為首席警官。直到1935被正式任命為警察局長，壹直沿用至今。香港警察軍銜以英國警察軍銜為準，英國警察軍銜以英國軍隊軍銜為準，壹般分為將軍、上尉、士官和士兵軍銜，警務處處長為將軍軍銜。
回歸後，警務處處長由行政長官提名，由國務院(中央人民政府)任命。警務處處長就警隊的管理及效率向保安局及行政長官負責，並由三名副處長協助，其中壹名副處長負責行動，並設有兩個部門級部門-行動科及刑事及保安科；另壹個負責管理事務，分為人事培訓部、監察部和財務政務與計劃部三個科級部門；最後壹個主管國家安全，下設壹個科級部門:國家安全部。