江戶川柯南
高中生偵探·工藤新壹，由於被黑衣組織的成員灌下毒藥APTX4869而導致身體變小，之後化名為“江戶川柯南”，為了調查黑衣組織而寄住在毛利偵探事務所。目前就讀於帝丹小學壹年級B班，是少年偵探團成員。
工藤新壹
帝丹高中二年級B班學生，高中生偵探，被稱為“平成年代的福爾摩斯”、“日本警察的救世主”，很多案件在他的活躍之下得以偵破。後來被黑衣組織灌下毒藥，身體變小。
毛利蘭
本故事的女主角。帝丹高中二年級B班學生，毛利小五郎的女兒，帝丹高中空手道社的主將。毛利偵探事務所的女主人，柯南目前的監護人，新壹青梅竹馬的女友。
毛利小五郎
小蘭的父親。曾經是警察，後來改行做了私家偵探。多數時候是頭腦迷糊的糊塗偵探，需要借助柯南的力量才能破案，但是壹旦遇到牽涉到和自己有關的人的案子，就會表現出驚人的推理能力。擅長柔道。
阿笠博士
新壹的鄰居，發明家。和工藤優作是好友。曾經有過不少發明，不過大多數是失敗作品。新壹變小成為柯南後，為了幫助柯南而發明了很多有用的道具。
灰原哀
帝丹小學壹年級B班學生。真實身份是黑衣組織成員·宮野誌保（組織代號：雪莉），後來因姐姐明美被殺，拒絕與組織合作而被囚禁，為此服下APTX4869而使身體變小，之後住在阿笠博士家，並在後來成為少年偵探團成員。
少年偵探團
吉田步美
帝丹小學壹年級B班學生。性格天真善良的女孩，喜歡柯南。
圓谷光彥
帝丹小學壹年級B班學生。十分熱衷於學習科學，思維模式較理性化，喜歡步美和小哀。
小島元太
帝丹小學壹年級B班學生，少年偵探團的團長（自稱）。非常貪吃，最喜歡的食物是鰻魚飯。性格比較莽撞，不過很有正義感。喜歡步美。
小林澄子
帝丹小學壹年級B班的班主任老師，少年偵探團的顧問（自稱）。喜歡閱讀江戶川亂步的小說。小時候和白鳥警官有過壹面之緣，目前和白鳥警官交往中。
新壹的家人
工藤優作
新壹的父親，世界首屈壹指的推理小說家，代表作品是《暗夜男爵》系列，現定居於美國洛杉磯。目暮警官的好友。推理能力在新壹之上。自阿笠博士處得知新壹變小的事情。
工藤有希子
舊姓藤峰。新壹的母親，曾經是著名的女演員，但後來退出演藝界並和優作結婚。性格活潑，擅長易容和變裝。與美國女星莎朗·溫亞德（貝爾摩德）是朋友。
小蘭的家人
妃英理
小蘭的母親，著名律師，號稱“法庭的女王”，有著從未敗訴的紀錄。小五郎的青梅竹馬。目前和小五郎分居中。
大阪方面人物
服部平次
大阪的高中生偵探，與工藤新壹齊名，二人合稱“關東的工藤，關西的服部”。特征是黑色皮膚，說話帶有關西腔。在某起案件中得知柯南的真實身份，並多次協助柯南。擅長劍道。
遠山和葉
17歲，平次的青梅竹馬，擅長合氣道。說話帶有關西腔。自稱是“平次的姐姐”。喜歡平次，不過兩人在壹起時經常鬧別扭。性格開朗活潑，和小蘭是好友。
服部平藏
大阪府警本部長，平次的父親。劍道和推理能力很強。平時總是不茍言笑，也對平次很嚴格，是典型的嚴父形象。
服部靜華
舊姓池波，平次的母親，42歲，但相貌仍顯得非常年輕。擅長劍道、烹飪。
遠山銀司郎
大阪府警刑事部長，和葉的父親。
大瀧悟郎
大阪府警搜查壹課強行犯搜查系的警部。和平次的關系很好。
警視廳刑事部搜查壹課：
目暮十三
警視廳刑事部搜查壹課強行犯搜查三系的警部，小五郎當警察時候的上司。身材肥胖，並且總是戴著帽子。以前曾經多次得到新壹的幫助而破案，現在則是仰仗小五郎。
高木涉
警視廳刑事部搜查壹課強行犯搜查三系的巡查部長，目暮警官的部下。性格溫和而有正義感，喜歡佐藤警官，目前與佐藤警官交往中。名字來源於同名聲優。
佐藤美和子
警視廳刑事部搜查壹課強行犯搜查三系的警部補，目暮警官的部下。是搜查壹課之花，曾經受到包括高木、白鳥等多數男性警官的愛慕。目前與高木警官交往中。
白鳥任三郎
警視廳刑事部搜查壹課強行犯搜查三系的警部。小時候與小林老師有壹面之緣，但後來卻誤以為那是佐藤警官，並壹直為此追求佐藤警官，後來才發現小林老師才是自己的初戀。目前與小林老師交往中。
千葉警官
警視廳刑事部搜查壹課強行犯搜查三系警官，姓名不詳。目暮警官的部下，高木的同事兼後輩。
松本清長
警視廳刑事部搜查壹課的管理官，警銜為警視，目暮警官的上司。左眼上有20年前“口哨男連續殺人案”中被兇手砍下的大傷疤。
弓長警部
警視廳搜查壹課縱火犯搜查壹組警部，專管縱火案。毛利小五郎曾經的上司，被毛利戲稱為“火災老爹”。
刑事部搜查二課：
茶木神太郎
警視廳刑事部搜查二課智能犯搜查系的警視，中森銀三的上司。
中森銀三
警視廳刑事部搜查二課智能犯搜查系的警部，青子的父親。專門負責怪盜基德的案件。十分執著於捉拿怪盜基德，但幾乎每次都以失敗告終。
刑事部搜查三課：
百瀨警部
警視廳刑事部搜查三課的警部，專管盜竊案。
交通部：
宮本由美
警視廳交通部交通課的巡查部長。佐藤的好友，喜歡撮合高木和佐藤。
三池苗子
原隸屬杯戶警署，後調任至警視廳交通課。特征是雙馬尾和吊眼角，曾經和千葉同時就讀於帝丹小學，是千葉的初戀情人。
已殉職：
森村警視
生前系警視廳刑事部搜查壹課強行犯系警部補，松本警視的好友，目暮警部十分尊敬的前輩。20年前在“口哨男連續殺人案”中殉職，後被追授為警視。
佐藤正義
生前系警視廳刑事部搜查壹課警部，佐藤警官的父親。在18年前的“愁思郎”案中殉職，後被追授為警視正。（註：日本警察在殉職後警銜上升兩級，故佐藤正義警官生前為警部）
萩原研二
生前系警視廳警備部機動隊爆炸物處理班成員，松田陣平的好友。7年前在處理炸彈時殉職。
松田陣平
原隸屬於警視廳警備部機動隊爆炸物處理班，後來調職到搜查壹課。對好友萩原研二的殉職壹直耿耿於懷。在3年前的摩天輪爆炸事件中殉職，臨死前以短信表達了對佐藤警官的好感。
伊達航
高木警官的前輩，與高木涉壹起並稱為“Wataru Brothers”，1年前死於車禍。與安室透有關聯。
其他：
白馬警視
總監警視廳總監，白馬探的父親。僅在《魔術快鬥》中登場，在《名偵探柯南》中只被提到。
諸星登誌夫
劇場版原創人物，登場於《貝克街的亡靈》。警視廳副總監，諸星秀樹的祖父。
小田切敏郎
劇場版原創人物，登場於《瞳孔中的暗殺者》《天空的遇難船》及《沈默的15分鐘》。警視廳刑事部部長，小五郎當警察時的上司。
鮫崎島治
62歲。原警視廳搜查壹課警視，小五郎當警察時的上司。現已退休。
地方警察
橫溝參悟
靜岡縣警的警部。原隸屬埼玉縣警。特征是形似珊瑚的發型（步美所形容）。十分崇拜小五郎。
橫溝重悟
神奈川縣警的警部，參悟的弟弟。和參悟長相十分相似，但是發型更接近光頭。與哥哥相反，對於小五郎壹類的偵探十分反感。
山村操
群馬縣警的警部。由於崇拜有希子飾演的女警而成為警察，辦案時經常會犯迷糊。膽子很小，常在命案現場勸人驅邪氣，害怕詛咒等。是唯壹被柯南麻醉過的警察。
大和敢助
長野縣警的警部。在追捕嫌犯時遭遇雪崩，導致左腳留下殘疾、左眼留下傷疤。和上原由衣、諸伏高明是幼時的好友。
上原由衣
長野縣警的刑警，大和敢助的部下。和大和敢助、諸伏高明是幼時的好友。
諸伏高明
長野縣警新野署的刑警，後來回歸長野縣警本部。對於三國誌十分了解。被稱為“孔明”。
綾小路文麿
劇場版原創人物，登場於《迷宮的十字路口》及《漆黑的追蹤者》。京都府警的警部，身上經常帶著壹只松鼠。
鈴木財團
鈴木園子
小蘭的同學、好友，鈴木家次女。雖然出身富家，不過卻毫無大小姐的架子，和周圍朋友的關系都很不錯，性格十分開朗豪放。曾經因找不到男朋友而苦惱，並為此羨慕小蘭和新壹；目前和京極真交往中。
鈴木史郎
鈴木財團的會長，園子的父親。
鈴木朋子
園子的母親。鈴木綾子園子的姐姐，鈴木家長女。和妹妹不同，很有名家之女的風範，待人很溫和。和富澤財團的三子富澤雄三有婚約。
鈴木次郎吉
鈴木史郎的堂兄，鈴木財團的顧問。愛好環遊世界。十分痛恨怪盜基德，壹直揚言要抓住基德，不過從來沒成功過。愛犬的名字叫“魯邦”。
西野真人
劇場版原創人物，登場於《世紀末的魔術師》。29歲，鈴木史郎的秘書。曾旅居世界各國，擅長多國語言。
魔術快鬥客串人物
註：此處僅列舉《魔術快鬥》部分人物，其他人物以及詳細信息請參閱詞條“魔術快鬥”。
黑羽快鬥 / 怪盜基德
《魔術快鬥》的主人公，第二代怪盜基德，是柯南的對手之壹。全稱為怪盜1412號，以世界各地的珠寶為目標的大怪盜。為了探查殺害父親盜壹的組織消息，壹直在找尋神秘之石“潘多拉”。（註：青山剛昌已明確表明此神秘組織與黑衣組織不是同壹個組織）
黑羽盜壹
天才魔術師，第壹代怪盜基德，快鬥的父親。黑羽快鬥、工藤有希子、貝爾摩德的變裝術都是師承於他。8年前在魔術表演中遭神秘組織暗殺身亡。
中森青子
《魔術快鬥》主角之壹，快鬥的青梅竹馬，中森銀三的女兒，不知道快鬥就是怪盜基德。在《名偵探柯南》中僅在動畫中正式登場，漫畫中沒有出現其姓名。
小泉紅子
《魔術快鬥》主角之壹，擁有神秘氣質的魔女，赤魔法的正統繼承人。在《名偵探柯南》中僅在動畫中登場，且未表現其使用魔法。
白馬探
《魔術快鬥》主角之壹，高中生偵探，白馬警視總監的兒子，基德的主要對手。目前回到英國繼續留學。曾在《名偵探柯南》中客串出場，且都是在偵探的聚會、比賽之類的故事中。
黑衣組織
首腦：那位先生
黑衣組織的首領，已登場。被組織成員呼為“那位先生”，沒有酒類代號，組織成員的代號都是他所起。除此之外壹切信息不明。
主要成員：
琴酒（Gin）
黑衣組織的幹部。冷酷殘忍，頭腦冷靜，似乎可以毫不猶豫地殺死任何人。在組織中負責重要的交易、暗殺及鏟除不合格的成員的任務。給新壹灌下毒藥使其身體變小的罪魁禍首。
伏特加（Vodka）
經常跟隨在琴酒身邊的黑衣組織成員。
貝爾摩德（Vermouth，又譯苦艾酒）
真實身份為美國的大明星莎朗·溫亞德，詐死後將身份轉換為自己的女兒克麗絲·溫亞德。曾經試圖追殺叛離組織的雪莉（灰原哀）。精於變裝。由於在紐約受過新壹和小蘭的救命之恩，因此壹直刻意保護兩人。
波本（Bourbon）
真實姓名為安室透，29歲，餐廳服務生，自稱偵探，真實身份為組織成員波本，觀察力與推理能力極強，被稱為“神秘主義者”。赤井在組織臥底時期與他是競爭對手，因此相互反感。拜毛利小五郎為師，目的是調查基爾事件中，毛利是否與雪莉有關系。曾偽裝成傷疤赤井來觀察赤井是否已死。與貝爾摩德合作，欲將雪莉帶回組織卻任務失敗（但誤認為雪莉已死）。開始重新調查赤井之死，並對柯南的身份產生興趣。
基安蒂（Chianti）
組織的狙擊手，與科恩搭檔。很討厭貝爾摩德。
科恩（Korn）
組織的狙擊手。
基爾（Kir）
即CIA探員水無憐奈。
已脫離組織：
雪莉（Sherry）即灰原哀。
黑麥威士忌（Rye）即FBI搜查官赤井秀壹，以諸星大的化名潛入組織，身份暴露後脫離組織。
沼淵己壹郎
黑暗組織底層成員。組織原本想培訓他成為殺手，後準備將其進行人體試驗。逃脫後因強盜殺人被捕。後因想再看看螢火蟲，謊稱埋屍於群馬深山中，伺機逃脫，之後又再次被捕。
已死亡：
龍舌蘭（Tequila）
身材高大的關西大漢。後來被卷入某起案件而被炸死。
皮斯可（Pisco）
本名枡山憲三。曾經壹度掌握了雪莉的所在，但後來由於射殺吞口議員的畫面被拍下，而遭琴酒滅口。
卡爾瓦多斯（Calvados）
組織的狙擊手。在壹次行動中被赤井擊傷後自殺。
宮野明美
宮野誌保（灰原哀）的姐姐。組織的基層人員，為了讓自己和妹妹脫離組織而參與了10億元搶劫，但後來組織卻出爾反爾，明美也被琴酒所殺。曾經和潛入組織臥底的赤井秀壹交往。
宮野厚司
科學家，明美和誌保的父親。由於不明原因死亡。宮野愛琳娜明美和誌保的母親。由於不明原因死亡。
愛爾蘭（Irish）
劇場版原創人物，登場於劇場版《漆黑的追蹤者》。為了調查某個與組織成員有關的案件而被黑衣組織安插進警視廳搜查小組。通過指紋對比得知柯南身份。最後被基安蒂射殺。
楠田陸道
組織的臥底，為了尋找失蹤的基爾而被組織安排裝病住進杯戶中央醫院進行秘密調查，被識破後開車逃亡途中開槍自殺。
FBI 相關
詹姆斯·布萊克（James Black）
FBI成員，英藉美國人，高級搜查官，茱蒂和秀壹的上司。為了調查黑衣組織而來到日本。
茱蒂·斯泰琳（Jodie Starling）
由於家人被貝爾摩德殺害而加入證人保護計劃，後來成為FBI探員。為了調查黑衣組織來到日本，化名為茱蒂·聖提米利翁，並偽裝成帝丹高中的英語老師。
赤井秀壹
FBI探員。槍法極高，頭腦冷靜，被黑衣組織稱為銀色子彈。曾經進入黑衣組織臥底，並成為了階級很高的幹部，代號Rye，在此期間與宮野明美交往。後來被水無憐奈槍擊，目前生死不明。
安德烈·卡邁爾（Andre Camel）
FBI探員。駕駛技術壹流。兩年前曾在任務時出錯，導致行動失敗，還暴露了赤井秀壹的身份。
世良真純
赤井秀壹的妹妹，帝丹高中2年B班的轉學生，擅長截拳道和推理。對新壹似乎很感興趣。
CIA 相關
伊桑·本堂
CIA的情報員，瑛海和瑛祐的父親。在調查黑衣組織案件時，為了保護臥底組織的女兒瑛海不暴露身份而自殺。
水無憐奈
本名本堂瑛海，CIA的情報員，黑衣組織內的臥底（代號：基爾），偽裝身份為電視臺主持人。現與FBI合作並重新回到組織，辭去主持人職務。
本堂瑛祐
瑛海的弟弟，壹直努力尋找失蹤的姐姐，後來知道姐姐與水無憐奈為同壹人。發現了柯南的真實身份就是新壹。希望加入CIA。
其他人物
沖野洋子
偶像歌手，曾經是“地球少女”的成員之壹，也擔任電視臺主持人的工作。小五郎非常喜歡她。由於被小五郎幫助過而經常送給他演唱會的門票。
京極真
園子的男朋友。擅長空手道，學校空手道部的主將、大學空手道黑帶冠軍，號稱“沖撞王子”。曾經在比賽中看見園子為小蘭拼命加油的身姿，自此開始對園子產生好感。目前多數時間在國外留學。
新出智明
新出醫院的醫生，後來成為帝丹高中的校醫。曾經壹度被貝爾摩德偽裝，而此時本人則受到FBI保護。
沖矢昴
神秘的研究生。因為某起案件與柯南相識，自此便住在新壹原本的家中。推理能力壹流，似乎深藏不露，目前已得知柯南身份。其真實身份令人懷疑。
栗山綠
妃英理的秘書，在妃律師事務所工作。
九條玲子
動畫原創人物。東京地方檢察廳的檢察官，被稱為“檢察界的麥當娜”。是妃英理最強的對手，曾經多次與妃英理對簿公堂。
赤木英雄
足球明星，19歲，東京Spirits隊前鋒。與比護隆佑並稱為“雙雄”，光彥、元太等人最喜歡的球星。
上村直樹
足球明星，19歲，東京Spirits隊前鋒。赤木的好友兼競爭對手。
比護隆佑
足球明星，19歲，BIG大阪隊的前鋒，曾邀請工藤新壹加入職業球隊。是灰原哀最喜歡的球星。
小島元次
元太的父親，32歲，經營著壹家酒館。左撇子。
圓谷朝美
光彥的姐姐，三途之Ⅲ樂團的歌迷。
目暮綠
目暮警官的妻子，昵稱小綠。學生時代曾經是不良少女，因為某案件而與目暮警官相識。
松本小百合
帝丹初中的音樂老師，松本清長警視的女兒，小蘭、新壹等人初中時代的老師。愛喝檸檬茶。曾於婚禮前自願服下有毒檸檬茶，所幸獲救，3年後與高杉俊彥結婚。
高杉俊彥
松本小百合的未婚夫，高杉財團養子。其親母在20年前被逃犯開車撞傷，並因松本清長忙於追嫌犯而未及時獲救而死。便記恨在心，故意接近松本小百合進行復仇，後發現小百合其實是自己的青梅竹馬。3年後與小百合結婚。
內田麻美
18歲，現東都大學文學部壹年級學生。曾當選“東都小姐”選美。是新壹初中時的學姐，喜歡新壹且知道他喜歡檸檬派（最拿手的點心），但新壹卻沒有喜歡她。
冢本數美
18歲，帝丹高中三年級學生。空手道社的前任主將，絕技是“轉體回旋踢”，曾將此技傳授給蘭。稱呼蘭為“毛利”。
麻生成實（麻生尉中）
曾化名為淺井成實（中文漫畫為淺井尉中），是名男扮女裝的醫生。是第壹個也是唯壹壹個在柯南面前自殺的嫌犯，他的死帶給柯南很大的沖擊。註：漫畫原版中其名字依然是麻生成實/淺井成實，“尉中”為翻譯錯誤。
雨城琉璃
治療系女明星，小五郎小學至初中的同學，妃英理的好友。很喜歡毛利小五郎，至今仍相信比不過妃英理。
劍崎修
演員，代表作為電視劇《偵探左文字》系列主人公松田左文字。也擔任電視臺主持人的工作。沖野洋子的好友。
越水七槻
20歲，出生於福岡。有名的南部高中生偵探。“偵探甲子園”事件的實際策劃者、兇手，已被捕。
時津潤哉
18歲，有名的北部高中生偵探，已故。出生於東京，但在北海道長大。是解決“薰衣草密室殺人事件”的偵探，在“偵探甲子園”事件中被害。
木之下芙紗繪（芙紗繪·坎貝爾·木之下）
阿笠博士的幼時好友及初戀情人。後來成為知名的時尚名牌公司的社長。
三水吉右衛門
140年前江戶時代末期著名機關師，綽號“機關吉右衛門”[8]，在日本各地制作機關房屋而出名，次郎吉的大金庫“鐵貍”也由其制作。（註：為《名偵探柯南》中虛構人物，現實中並不存在）
澤田弘樹
劇場版原創人物，登場於《貝克街的亡靈》。10歲，麻省理工學院的研究生，天才電腦程序設計編程師。研發出“DNA探查程序”。完成人工智能程序“諾亞方舟”（弘樹的化身）後自殺身亡。