阿笠博士知道新壹的真實身份。工藤新壹決定隱藏自己的身份，改名為江戶川·柯南，並轉學到迪丹小學。
4都市碼圖少年調查組成立。
5.新幹線爆炸事件
52霧狗傳說在漫畫中，柯南學會了杜松子酒和伏特加的代號(在動畫中，是霧狗殺人的標題)。
43柯南在江戶川被綁架，工藤和他的妻子得知了柯南的身份。
48-49服部平次，外交官謀殺案出現，柯南白喝了壹杯暫時恢復。
柯南遇到了黑暗組織成員龍舌蘭，卻被殺了。
服部平次知道柯南的身份，開始合作。
128海原愛的姐姐宮野明美被杜松子酒殺死。
129宮野誌保，壹所女子大學的謀殺教授，來自壹個黑暗組織，也變小了，逃離了這個組織，去了阿笠博士家。她把藥品的名稱定為APTX4869，轉到了迪丹小學。
130-131競技場無差別脅迫海巴拉艾透露，該組織早在半個世紀前就策劃了壹個大計劃。
176-178告別黑暗組柯南和阿沙拉在放學回家的路上發現了金的保時捷，於是他們對其進行了追蹤，但金卻在上面發現了追蹤器。但柯南還是查出了黑暗集團要在貝爾維尤酒店實施暗殺活動的是代號為皮斯科的組織成員。柯南和足原到達北湖酒店，但金已經通知皮斯科雪莉在跟蹤她，並告訴他雪莉壹定會去北湖酒店。暗殺發生後，皮斯科偶然遇到了足原，認出她就是雪莉，於是她被打了麻藥昏迷，躲在酒店的酒窖裏。柯南和足原取得聯系後，讓她嘗試喝酒，結果徒勞無功。結果阿沙拉也變回了成年人的身材，並且能夠從煙囪逃到酒店頂樓。沒想到，杜松子酒和伏特加已經在頂樓了。在杜松子酒的折磨下，足原拒絕說出自己脫離組織後的所作所為，身中數槍。柯南這時趕到，把杜松子酒灌醉了麻。與此同時，阿沙拉再次從煙囪逃回酒窖。此時白功的藥效已過，阿莎拉的身體又變回來了。然後皮斯科終於露出了真面目。在即將處決足原的時候，柯南再次火速上演英雄救美，而皮斯科則因為刺殺過程中壹個不可挽回的失誤，被琴聲滅口。(貝爾摩當時也在現場，事後拍了照片，在日本定居。因為她覺得當時有其他組織的成員在場，柯南開始懷疑事後她也是該組織的成員。
170-171新出智明的父親被繼母殺害，在柯南的協助下破案。(新正式出道)
貝爾摩制造了壹場車禍，企圖殺死新出智明壹家，並開始冒充新出智明。另壹方面，長大後的朱迪加入了美國聯邦調查局，追蹤貝爾摩來到了日本。察覺到貝爾摩的企圖後，她秘密地救了新出智明，並作為壹名英語老師隱藏在迪丹高中進行監視。
188-193危急復活柯南變回新騎士壹身黑衣遇到了化身為新貝爾摩被朱迪老師發現的蘭。
226-227格鬥遊戲的陷阱朱迪遇到了柯南，看到他在園方的幫助下破案(這是朱迪第壹次正式亮相，顯然她發現柯南不簡單，可能已經知道內情)。
230-231神秘乘客在這壹集的開頭，杜松子酒和貝爾摩之間的壹場戲說明這壹集和主線有關。少年偵探隊和醫生在公交車上遇到了壹起去美術館的朱迪和新人。這時，艾感覺到大巴車上的組織成員變得非常害怕。後來，大巴被劫匪劫持。雖然在大家的努力下劫匪終於被抓到，但艾還是待在快要爆炸的車裏想死。最後被柯南解救(看來組織成員艾覺得是貝爾摩，和她在壹起的朱迪應該是在監視它的行蹤。好在在柯南的掩護下，不管是朱迪還是貝爾。同時，這壹集也是赤井秀壹的首次正式亮相。在結尾，他的報告顯示他在監視某人，這應該是為了幫助朱迪監視貝爾摩。
253-254這個大廳裏的犯罪愛情故事4新醫生可能找到了柯南並分析了案情，用了變聲器。
258-259芝加哥人柯南等人認識了芝加哥老人詹姆斯·布萊克。後來因為被誤認為名人而被綁架，在柯南的幫助下獲救，被赤井接走。與此同時，詹姆斯也發現柯南不同尋常，稱柯南為福爾摩斯和酷哥。
269-270犯罪大事記中提到，與毛利小五郎有關的文件被盜，然後被送回，暗示有人在調查他們，這讓柯南相當緊張。是貝爾摩偷了案卷，主要目的是了解與新問題有關的案情(可惜細節還沒找到)。竊取所有相關案件檔案的目的是誤導美國聯邦調查局，使其認為她的目標與毛利人有關。故事結尾有壹張赤井監視毛利偵探所的照片，可見美國聯邦調查局真的把目光投向了毛利人。
271-272匆匆無視柯南再次在朱迪面前破案(這壹集有幾點值得註意:第壹，朱迪在談話中暗示柯南的身份已經暴露，提到了美國聯邦調查局。第二，在該案中，蘭回憶說她曾見過壹個“戴黑色針織帽的男人”()；最後，在故事的結尾，貝爾摩給琴酒發了壹封郵件，提到了雪利酒，給(艾)的十字照片發了飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片)。
277-278西方名偵探vs英語老師的檔案丟失讓柯南非常不安。他基本肯定了克裏斯是該組織成員，並進壹步懷疑朱迪就是克裏斯。碰巧來到這裏的服部哲對此很感興趣，於是鼓勵柯南去朱迪的公寓探險，雙方接觸過程中發生了壹起命案。雖然案子破了，但是朱迪的探索失敗了。(這壹集的重點是柯南和蘭最後出現在朱迪浴室鏡子後面的照片，照片上的字跡和貝爾摩的壹模壹樣。據後來所說，這是朱迪潛入新房間(即貝爾莫爾)發現相關照片後復制的。同時，朱迪也了解到貝爾摩的目標是服喪。另外，柯南最後說，除了朱迪，另外兩個可疑人物應該是赤井和新壹。
286-288工藤新壹紐約事件毛利蘭回憶起她和新壹去紐約玩時發生的事情。
Haibara Ai提到，沼淵己壹郎是該組織的成員。
307-308無聲的證據小五郎受委托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓。從當事人的對話中，柯南得知他是龍舌蘭酒的聯系對象，龍舌蘭酒是壹個組織成員，在電子遊戲壹家公司的謀殺案中被殺。最後，柯南通過追查案件，得到了該組織的線索——板倉日記(在案件的最後，柯南和藍遇到了，並提到了)。此外，柯南還了解到，蘭和赤井是在那壹年認識的。
309-311與黑組織的接觸柯南通過半倉的日記得知了黑組織的行蹤，並試圖冒充半倉與伏特加的接頭，但被琴酒識破未果，差點被琴酒抓住(柯南與艾離開時，恰好被阿凱看到，好像艾對其有所感覺；在板倉的日記中，提到了黑暗組織的龐大計劃甚至影響著人類的未來。
329-330金錢買不到的友誼阿笠博士提到，艾的父親宮野厚司是著名的瘋狂科學家，母親艾琳娜是英國留學生，黑暗集團可能在搞壹個起死回生的計劃。
335-336杜東現象研究所的秘密少年偵探隊遇到了壹起謀殺案，柯南幫助解決了它。值得註意的是，柯南和艾在整個故事中都感覺到自己被跟蹤，但跟蹤者最終被迫放棄。(最後，赤井秀壹出現了，表明跟著他們的人是美國聯邦調查局。由於艾與照片中的人物相似，美國聯邦調查局猜測她就是貝爾摩的目標。此外，赤井最後對艾的照片說“太像了”，暗示他和艾以前就認識。奇怪的是，朱迪和阿凱似乎並不經常聯系，也不經常交換信息。
338-339四保時捷艾感冒發燒。醫生和柯南帶他去了醫院，卻被停車場的壹樁命案擋住了去路。後來，他們在購物時遇到了蘭、花園和朱迪，發現他們行蹤的跟在他們後面。最後柯南破案了，醫生卻借了朱迪的車送艾回家，找了新醫生給艾看病。在故事的最後，貝爾摩燒掉了艾的照片，說:“妳準備好了嗎？我找到了，我去找妳”(這是壹次徹底的暴露，貝爾摩和美國聯邦調查局夫婦都知道她的地址，貝爾摩還在醫生家安裝了竊聽裝置)。
340-341藏在廁所裏的秘密醫生家被竊聽了。醫生在父親去世前帶著柯南和艾去拜訪他的朋友，設計師走出小島，試圖更多地了解他的父親。當然，設計院必然還會有另壹樁命案。柯南破案的時候，還找到了艾的姐姐設法藏在設計院，艾的媽媽留給艾的那盤磁帶。(艾的媽媽應該在19歲留給艾的錄音裏提到過壹些驚人的事情，但是因為青山愛當懸疑的愛好，我們至今壹無所知。此外，在故事的最後，貝爾莫爾叫來了組織成員“卡爾·多瓦斯”(即蘋果酒)幫忙，正在策劃壹場行動。
便利店的陷阱343-344朱迪辭去了迪丹高中的老師(顯然會有所作為)。然而，當蘭和花園去朱迪的家聚會時，蘭意外地發現了鏡子後面的照片，感到非常可疑，於是她在月圓之夜的雙重神秘中潛入朱迪的汽車後備箱，並在最後壹刻救了艾。另壹方面，貝爾摩沒有開槍打蘭，稱她為天使。顯然，她不想傷害蘭。很多人都認為是信義和蘭在她偽裝成銀發殺人犯的時候救了她。
與黑組織面對面！月圓之夜的二元之謎貝爾摩利用鬼船活動邀請了小五郎、新壹和金，試圖分散柯南的註意力，暗殺艾。朱迪得知了這個計劃，先帶走了艾，並試圖將貝爾摩引入陷阱，但貝爾摩已經知道了這個陷阱，並為此做了安排。另壹方面，柯南邀請服部平次喬裝打扮去參加聚會，並在母親佑希的幫助下化妝成喪，試圖聯系黑組織；但艾不放心柯南去，偷了柯南的追蹤眼鏡跟著他。最後，蘭躲在朱迪汽車的後備箱裏，因為她想知道朱迪的真實身份...真的很復雜。最終，貝爾摩逃脫了阿凱，又壹次放過了柯南，並把柯南和艾藏在琴酒裏，但朱蒂設法騙過了依然壹無所知的蘭。貝爾摩給組織的老板/先生/領導發郵件時，柯南聽到了擊鍵聲。
374-375明星和香煙的秘密代碼。山村警官給他奶奶發了壹條信息。開頭的關鍵語氣很像Boss的郵箱。它是鳥取縣。
385-387斯特拉迪瓦裏小提琴的不協和音柯南等人去了壹個鋼琴家庭，得知那天聽到的擊鍵聲是七個孩子的曲子。
394-396怪屋奇遇柯南得知了Boss的手機號。
425黑暗沖擊！在魔爪伸出的壹瞬間，小五郎在與播音員的壹次對話中得知自己被惡作劇的門鈴困擾，便與柯南、蘭壹起前往火龍果的家。雖然小五郎等人抓到了犯人，但此時柯南從安裝的監聽裝置中意識到，可惜奈其實是黑組織的黑幫成員。隨後，該黑組織制定計劃，於下午1點在埃迪P刺殺壹名代號為DJ的男子。被美國聯邦調查局和柯南攔住，水無憐奈受傷昏迷。(本期節目中，黑人組織出現了兩位新成員:狙擊手基安蒂酒和科恩)
429-430不能回頭的本堂瑛祐出現了。
462-465黑暗組織貝爾摩的影子去了水無憐奈壹個事故目擊者的家裏，引起了柯南的註意。小蘭的新同學本堂瑛祐在《毛利偵探社》做客時，有意無意地把話題引到了水無憐奈，希望柯南等人前去調查，這引起了柯南的警惕。目擊水無憐奈事故的孩子被壹個懷疑是貝爾摩的陌生女人質問，貝爾摩的咒語出現了。
柯南和海原愛調查了484-485張黑人照片的下落，並獲得了本堂瑛祐父親的照片。本堂瑛祐和水無憐奈的身份越來越清晰。
491-504紅黑本堂瑛祐的碰撞總是給柯南不好的感覺。他四處尋找他的妹妹唐本·英海。這個大廳裏的瀛海和水無憐奈長得壹模壹樣，但是血型不對。與此同時，黑暗集團到處尋找水無憐奈，得到美國聯邦調查局幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒。被本堂瑛祐攻擊後，他不得不說出自己的真實身份。原來，水無憐奈是美國中央情報局的臥底，水無憐奈答應赤井秀壹回到該組織，但他接到的第壹個任務是殺死赤井秀壹。赤井秀壹有犧牲的嫌疑。
507-508歌廳的壹角本堂瑛祐知道了柯南的身份並打算離開日本。柯南對赤井秀壹之死的態度很奇怪。
509紅、白、黃和偵探小組水無憐奈向朱迪泄露了信息，並組織了壹個強大的波旁偵探。工藤新壹的房子搬到了壹個名叫沖矢昴的新房客那裏。據海原愛反應，此人人脈很廣。他是組織的臥底波旁還是重生的赤井秀壹？
511推理對抗！心怡VS沖矢昴柯南發現沖矢昴推理能力很強，而且是左撇子，愛喝波旁酒。
521殺人犯工藤新壹·工藤新壹第三次康復了。
仇恨的藍色火花柯南和沖矢昴合作默契。
542-543海原艾，魚消失的那塊角巖，再壹次感受到了沖矢昴的壓迫感。
563-564偵探隊VS土匪隊臉上出現燒傷疤痕和疑似赤井秀壹的人。右眼有明顯的燒傷疤痕。最後，男子拿起劫匪的槍，在柯南被劫匪劫持的緊張時刻向他開槍。(根據漫畫，這個人是右撇子。)
赤井秀壹非常喜歡波旁威士忌。
578-581召喚危機的紅色前兆，黑色和13的暗示，臨近的黑色時刻，紅色的搖擺目標。疑似赤井秀壹的人再次出現。與此同時，商場裏的朱迪老師收到了“這裏很危險，快跑”的紙條(沒有明確指出是誰留下的，但朱迪認為是赤井秀壹留下的，刀疤男是赤井秀壹)。這時，沖矢昴正在商場裏，他第壹次見到了刀疤男，但是刀疤男沒有找到他。刀疤男用別人的手機把商場裏發生的案件推理發給了毛利小五郎。金、基安蒂酒等人試圖測試赤井秀壹是否還活著，以此來證明基爾是否是臥底，但柯南巧妙地引走了他。與此同時，常也在尋找刀疤男，但刀疤男在瞄準時對著眼前的景象詭異地壹笑。
616-621福爾摩斯無聲錄工藤新壹第四次來到倫敦康復，也是第壹次向毛利蘭正面表白；也說明工藤夫婦知道海原愛是APTX4869的開發者。
622-623緊急電話252阿笠博士被綁架了。在影片的最後，海原愛再次表達了對沖矢昴的強烈質疑。
646-647幽靈酒店的推理對抗
648-650偵探事務所的凱奇市事務
自稱偵探的世良真純出現了，並被轉到了迪丹高中。
651柯南VS平吉東西方偵探推理對決朱迪和卡姆邁耶在看到世良的照片後說世良“像某個人”，而詹姆斯第壹眼看到世良就是個女生。
656-657博士的網站石亮，在第壹次看到656-657博士上傳的視頻時，就發現了印在博士眼鏡上的海原愛的影子，並從和元夫人那裏打聽了“博士的小姑娘”(也就是海原愛)和她的鄰居(也就是)的情況，可見她對足原很感興趣。他對著沖矢昴的窗戶說，“我還以為是誰剛搬進來，但現在看來，真的很讓人擔心...”最後，施亮在電腦裏刪除了金槍魚頻率中意外拍攝的灰色圖像。
667-668婚禮前夕，自稱偵探的安石頭出現，在事件解決後自願成為小五郎的弟子。
671-674偵探沖矢昴的噩夢脫口而出“不要露出那種表情”，這似乎讓足原感到相當擔憂。
伯莫多給波旁打電話，同時，崇雅、世良、安石在接電話。波旁酒似乎是三種酒之壹。
675-676根本不原諒世良。他似乎對新壹大早就有所了解，對足原也表現出了興趣。石亮說，他認識壹個“從來不笑的人”，在註意到刀疤壹休的存在後，他非常關註它。
足原回憶說，沖矢的那句“不要露出那種表情”和壹直在組織臥底的竹興達(也就是赤井秀壹)的用詞很像。681危及生命的愛情廣播(廣播開始)
682危及生命的愛情廣播(絕望)
683危及生命的愛情廣播(現場突破)
警視廳受到挑戰，高木的生命危在旦夕。佐藤能救他嗎？警察前輩們口中的“第壹名”；安世通和警方有什麽千絲萬縷的聯系？
684泡沫、蒸汽和煙霧(上)
685泡沫、蒸汽和煙霧(第二部分)
重賽和海原愛；蕭艾對沖矢昴的強烈好奇心；沖矢昴的“私人領地”是解開其身份之謎的鑰匙嗎？