從中學時期，李漢軍就產生了從事社會科學研究的願望。也是在這壹時期，他開始意識到獨立思維的重要性。1979 年南陽縣溧河高中畢業後，他又碾轉就讀於南陽縣壹中籌備組復讀班和南陽市壹中。1982 年 9月進入河南省政法管理幹部學校學習。在國內法學教育尚處於起步階段的那個時候，河南政法幹校的兩年學習為他以後從事法律工作和法學研究打下了最初的、卻也是難得的堅實基礎。
1984 年 8 月，他得到了在河南省南陽地區行署司法處工作的機會，原本想去當時的法律顧問處從事公職律師工作，卻因普法活動的需要，被分配到了宣教科。當時司法處宣教科主辦了壹份《南陽法制報》 ，在群眾中有較大影響，於是他安心在那裏擔任編輯。他在南陽工作時表現不錯，曾多次被評為先進工作者，屢獲河南省好新聞獎、南陽地區好新聞獎等。這壹時期的工作為他了解中國基層社會打下了良好的基礎。
1990 年 9 月李漢軍考入北京大學法律學系，師從周密教授，攻讀犯罪學方向的刑法學專業碩士學位。進入北大學習，是他進入刑法學研究領域的真正開端。選擇從犯罪學入手，是基於此前對犯罪問題的直觀感受，因此從讀碩士期間開始，他就重視犯罪現象的社會學、心理學與法學的全方位分析與判斷。北大的人文環境與學術氛圍使他逐漸進入刑法學與犯罪學研究的正途，也由此決定了從事刑法學與犯罪學研究的終生事業之路。1993 年李漢軍碩士研究生畢業後，繼續在北大師從楊春洗教授修讀刑法學專業博士學位。在此期間，他深受北大刑法學科及該校人文學科眾多大家學術思想的影響，通過對刑法學的研修，他領悟到刑事壹體化研究的真諦。至 1996 年 7 月畢業，他已經獲得了刑法學專業研究的基礎功底並在刑法基礎理論研究方面取得了壹些心得與成就，初步形成了對犯罪與刑罰問題的系統性認知。
在北大學習期間，李漢軍在周密教授、康樹華教授、楊春洗教授、儲槐植教授、張文教授等師長的悉心指導下，形成了第壹批學術成果。包括參與撰寫專著《美國經濟犯罪與經濟刑法研究》獲北京市 1994 年度社科優秀成果二等獎；參與編著教材《中國刑法論》獲國家教委 1995年度優秀教材二等獎。其博士畢業論文《論犯罪觀》 ，旨在研究犯罪與刑罰的政治、經濟、文化等多重觀念基礎，確認犯罪問題的社會綜合反應機制，尤其是刑法機制的深層背景與內涵。該文受到評閱人甘雨沛教授、趙秉誌教授，答辯委員會主席陳興良教授等學界權威的高度評價。
1996 年博士畢業後，李漢軍赴海南工作，在海南大學法學院先後任副教授、教授、副院長、海南大學特區法制研究所所長。在海南的工作，是他個人閱歷與職業生涯中重要的壹部分。在這個遠離經濟文化與學術中心的南方熱島，當地逍遙閑逸的生活與實踐社會事業的責任感形成了鮮明對比。作為壹名刑法學學者，在致力於服務法學教育的分內之義外，他壹方面參加了不少海南省有關方面立法司法實踐的活動，另壹方面也繼續在學術研究方面不懈努力。在海南大學，通過與同事們良好的合作與***同努力，先後參與了法學院訴訟法學碩士點、法學壹級學科碩士點和法律碩士教育的建設，為海南大學法學學科的興起作出了自己的貢獻。在社會實踐方面，曾任海南省第四屆人大常委會教科文衛工作委員會委員，海南省人民檢察院專家咨詢委員會委員，海南省人民檢察院人民監督員等社會職務。此間獲得的榮譽有 ：課題報告《從特區立法基本原理看特區立法的歷史使命》獲海南省人大常委會 2003 年度優秀調研成果特等獎 ；專著《論犯罪觀》獲得海南大學 2002 年度兩吳科研二等獎 ；合撰論文《論勞動教養的立法完善》獲中國法學研究會刑法學會“海南杯世紀優秀論文（1984 年 -1999 年） ”三等獎； 1997 年海南大學社會實踐先進指導教師 ；1999 年、2000 年、2005 年、2006 年海南大學“最受歡迎的教師”獎；多次被評為院、校先進工作者等等。