協助局領導組織協調機關日常工作，負責組織重要會議和起草重要文件；監督檢查有關會議和決定的落實情況；負責文秘、檔案、紀檢、監察、信訪、保密、安全和後勤服務工作；負責新聞發布和系統信息網絡管理；負責制定機關內部規章制度，組織水利行業對外合作與交流；負責局機關離退休人員的管理和服務工作。
負責局機關及直屬單位的機構編制、人事、勞動工資、職工福利、社會保障和專業技術人員管理；負責局機關及直屬單位工作人員和專業技術人員的年度考核；負責水利系統人才規劃和隊伍建設，負責行業職業技術教育和職工培訓管理。
監管全市水利國有資產；監督全市水利資金的管理和使用；制定水利行業的經濟調節措施；研究提出價格、稅收、信貸、金融等水利經濟調節意見；負責局直屬單位國有資產管理，指導局直屬單位財務會計工作，管理水利經濟，檢查監督局直屬企事業單位的經濟活動；承辦本局的財務工作。
水利規劃和建設科
組織制定水利發展規劃、中長期規劃和年度計劃；組織編制和審查全市主要河流和重點區域的綜合水利規劃及其他水利專業規劃；協調流域發展；承擔水利建設項目的預審、審批或核準；負責水利工程環境影響評價報告的編制；安排水利年度投資計劃；組織、指導和協調全市農田水利基本建設和農村水利社會化服務體系建設；制定水利科技發展規劃，組織水利科學研究和技術推廣；組織、指導和監督水利行業技術質量標準和水利工程規程、規範、定額的實施；組織和指導河流(海岸線)、湖泊、灘塗的保護、管理和開發；組織水利工程的建設和管理；承辦水利統計工作；負責全市防洪工程的規劃、建設和管理。
水管理科
負責制定與水行政相關的地方性規範性文件；組織水行政監督、水行政執法和水土保持執法；調解部門和地區之間的水、水土流失防治和開墾糾紛；組織水案件的調查；承辦水行政訴訟、行政復議、水法律法規宣傳和法制教育。
統壹管理和保護全市水資源；組織實施取水許可制度和水資源費征收制度；負責全市水資源監測和調查評價，並發布全市水資源公報；組織水功能區的劃分和向飲用水水源地及其他水域排汙的控制；監督全市汙水處理工作；組織江河湖泊水量、水質監測，審核納汙能力；提出限制汙染物排放總量的意見；組織和指導全市計劃用水和節約用水工作，組織實施和指導全市城鄉供水壹體化工作，制定節約用水政策措施；編制節約用水、城鄉供水水源規劃並制定相關標準；組織制定全市水資源開發、利用和保護規劃，全市水資源供需計劃和水量分配計劃，並監督實施；村鎮供水管理；組織實施和管理全市水文工作；承擔市水土保持委員會辦公室的工作。
防洪辦公室
組織、協調和指導全市防汛抗旱工作，承擔市防汛抗旱指揮部的日常工作。制定和落實行政首長防汛抗旱責任制；制定全市防汛防臺風預案，檢查督促預案措施的落實，根據市防汛抗旱指揮部的指令，負責全市防汛工程設施的運行調度。
水政監察總隊(河道管理處)
1.積極宣傳和貫徹《中華人民共和國水法》、《中華人民共和國防洪法》、《中華人民共和國水土保持法》等水法律、法規和規章。
2.依法保護城市範圍內的水資源、河流、海堤、堤壩、灘塗、水工程、防洪和水文設施，維護正常的用水秩序。
3、通過對各種水事活動的監督檢查，受理單位或個人的舉報和投訴，並負責依法查處違反水法律法規的行為。
4.負責調解水事糾紛。
5、配合公安、司法機關查處水上治安和刑事案件。
6.對違反水法律法規的行為，可以在授權範圍內依法作出行政決定、行政處罰或者其他行政措施。重大水案件應及時向上級報告。
7.負責水政監察隊伍成員的管理、教育、培訓和績效考核。
8、嚴格遵守辦案規則。按規定進行案件報告、歸檔、水執法統計；嚴格管理水政監察證件、標誌、設備和執法裝備。
9.負責河道管理和保護範圍內各類建設項目的審批前期工作和建設項目的監管。
10，做好河道整治的綠化管理和界樁設置。
11，組織指導全市河道長效清理。
12，負責河道協調員團隊的管理、教育、培訓和績效考核。
水資源與水土保持管理站
1，負責全市水資源的統壹管理，組織實施取水許可制度和水資源有償使用制度；
2、負責實施建設項目水資源論證制度；
3、負責全市計劃用水，協助制定和實施節約用水和城鄉供水計劃；
4、負責全市用水計量裝置的安裝和管理、地下水位監測、取水統計；
5、負責全市水資源開發、利用和保護規劃；
6、組織實施本級和上級下達的水資源開發、利用和保護規劃；
7、指導鎮、街道水資源管理工作，組織水資源管理培訓；
8、負責水資源基礎數據的收集和上報；
9.負責起草水資源管理相關文件、報告和總結。
農村水利管理站
1.宣傳、貫徹和執行國家、地方和行業有關水利發展的法律、法規、方針政策、技術標準和規範。
2、協助市水利局制定全市水利中長期發展規劃和年度計劃，並負責全市水利工程的組織實施、技術指導。
3、負責全市水利工程建設管理、質量監督，促進水利工程建設管理水平和工程質量的不斷提高。
4.協助做好全市水利工程的防汛抗洪工作，配合和指導防洪工程的安全運行。
5、掌握全市水利工程現狀，做好相關基礎資料的收集、整理、匯總和歸檔工作。
6、及時做好水利建設統計報表，做好水利建設宣傳和水利信息化工作。
7、對全市鎮(街道)水利人員進行技術培訓和業務指導，協助做好績效考核工作。
8、開展水利建設和管理領域新技術、新材料、新工藝、新設施的研究、引進、試驗、示範和推廣。
9.完成領導和上級交辦的其他任務。
農業排灌技術推廣站
1，負責全市農業排灌技術推廣；
2.引進、開發和推廣農業排灌新技術、新產品、新工藝；
3.開展實驗示範、技術指導和培訓服務；
4、編制小型農田水利基礎設施更新、改造和建設計劃；
5、指導全市灌溉管理責任制的實施；
6、實施農業排灌設施、構件等質量監督管理。
水文站
1，貫徹黨和國家的方針政策，組織實施局交辦的各項工作。
2.負責所轄水文站的水文業務管理，按照《水文規範》要求做好水文預報、水文資料采集、站場整理和整編工作。
3、負責完成各級防汛指揮部下達的洪水報告和水情預報任務。
4.負責按要求向主管局和上級水文站報送全部水文資料，按時參加水文資料的編報和審核。
5、負責組織全站政治和業務技術學習，搞好年終考核。
6、負責制定各項規章制度，搞好內部管理，嚴格操作規程，確保安全生產。
7.負責本站所轄水文站設施設備的管理，並登記臺帳。
8、負責開展對外水文服務。
海棠管理處
1，負責平湖市水口至白沙灣標準海堤的日常巡查，觀察掌握海堤工程運行狀況；
2.制止各種危害海塘工程設施安全的行為；
3、編制並實施年度海塘工程維護計劃；
4、做好海塘工程維護管理工作；
5、做好防汛救災物資的儲存和保管等工作。
城市防洪工程管理處
1，執行城市防洪指令，負責城市防洪工程的抗災運行；
2.負責所有閘門、堤防及相關機電設備的日常檢修和維護，確保完好和安全運行；
3.負責汛期前整套設施的測試和調試，確保汛期隨時可以投入運行；
4.負責門站內房屋及附屬設施、機電設備、大門、護岸的日常管理，防止被盜等損失；
5.負責門站區域的綠化和維護；
6、協助制定和修訂城市防洪工程運行規程；