1.貫徹執行工商行政管理的方針、政策和法律、法規，研究制定實施的具體措施和辦法。
2.依法組織管理區內從事經營活動的各類企業和單位、個人的登記註冊，核定註冊單位名稱，審批、發放相關證照，實施監督管理。
3、依法組織對市場競爭行為的監督檢查，查處壟斷和不正當競爭、走私、傳銷和變相傳銷等經濟違法行為。
4.依法組織對交易活動的監督檢查，查處假冒偽劣商品等違法行為，保護經營者和消費者的合法權益。
5.依法規範管理和監督各類市場經營秩序。
6.依法組織對經紀人和經紀組織的監督管理。
7.依法組織實施合同行政監督管理，組織管理動產抵押物登記，組織監督拍賣，查處合同欺詐等違法行為。
8.依法監督管理廣告，查處違法行為。
9.組織、監督和管理商標註冊、使用、印制和專用權保護工作，指導企業商標工作，負責馳名商標、知名商標、馳名商標的推薦工作，組織查處商標侵權行為。
10.依法組織、監督和管理各類企業和個體工商戶的經營活動。
11.領導本系統工商行政管理的業務、行政、人事、財務、紀檢監察和精神文明建設工作。
12，指導消費者協會等組織的工作。
13.承辦上級工商行政管理局和當地政府交辦的其他工作。
1.辦公室
組織、協調和參與本局的政務工作。承擔局機關重要文件的起草工作，負責文電、機要、保密、外事、文件檔案管理和會議組織工作；制定總體研究計劃，承擔綜合研究工作；制定工商行政管理宣傳計劃並組織實施；負責本局的行政後勤支援及保安工作。
2.法律事務科
組織、協調或參與起草和審核工商行政管理規範性文件；組織工商行政管理執法的監督檢查；承辦本局行政案件的審批工作；承辦或者參與行政案件的復議、聽證和應訴；依法審理行政賠償案件；組織工商行政管理法制宣傳；檢查和指導本系統的法制工作。
3.公平貿易司(消費者保護司)
參與制定制止壟斷和不正當競爭、保護消費者權益的規範性文件；組織查處轄區內的壟斷、不正當競爭、走私販私、損害消費者合法權益、傳銷和變相傳銷等經濟違法案件；組織監督流通領域商品質量；組織查處市場管理中發現的經銷摻假、假冒產品等違法行為；檢查和指導全市公平交易和消費者權益保護工作；指導稽查支隊和稽查大隊的工作；指導工商行政管理局“12315”消費者投訴舉報指揮中心和各12315消費者投訴服務臺。
4.企業註冊組
組織或參與起草全市各類企業和個體工商戶登記的規範性文件；依法承擔在市工商局登記註冊的各類企業的登記註冊工作，協調、指導、監督、檢查本系統各類企業和個體工商戶的登記註冊工作；負責辦理在市工商局登記註冊的各類企業年檢，協調、指導、監督、檢查本市各類企業年檢和個體工商戶驗照工作；負責全市各類企業和個體工商戶登記的信息統計和匯總。
5.企業監督管理科
組織或參與起草全市各類企業和個體工商戶監督管理的規範性文件；組織查處企業違反登記法律、法規和規章的行為；負責全市企業信用體系建設，組織協調查處無照經營行為；指導全市個體私營企業協會的工作；協調、指導、檢查全市各類企業和個體工商戶的監督管理工作；負責全市各類企業和個體工商戶監督管理的信息統計和匯總。
6.市場監督管理科(合同監督管理科)
參與制定市場監督管理和規範市場秩序的規範性文件；組織、監督和規範各類市場的交易行為和經營秩序；負責市場登記和年檢；負責各類展銷會、交易會、訂貨會、櫃臺租賃的登記和監督管理，根據授權組織經紀人職業資格認定，監督和規範經紀人和經紀機構的經營活動；負責糧食市場的監督管理；組織查處各類市場的違法違規行為；組織對全市市場的專項管理；檢查和指導全市市場監督管理工作；指導市場協會和經紀人協會的工作。
參與制定合同監督管理的規範性文件；組織實施合同行政監督；組織查處利用合同的違法行為；組織和管理動產抵押登記；組織和監督拍賣和招標；辦理經濟合同鑒證和合同糾紛的行政調解，檢查和指導合同監督管理；指導合同協會的工作。
7.商標廣告監督管理科
參與制定商標和廣告監督管理的規範性文件；組織查處商標侵權假冒和虛假違法廣告案件；負責商標和特殊標誌使用許可合同、商標質押、商標驗證、商標印刷的監督管理；認定市知名商標，組織推薦福建省著名商標；負責市級廣告業務的審批；監督管理廣告及其他廣告活動；檢查和指導全市商標廣告監督管理工作；指導商標代理機構、商標協會和廣告協會的工作。
8.金融設備科
執行工商行政管理系統的財務制度，組織實施本系統的財務設備管理；編制系統預算，審核決算；組織實施各項工商行政管理收費；負責編制本系統的會計報表和財務統計數據；負責本系統的票據管理和內部審計、資金收支管理及監督檢查；組織管理本系統的國有資產；負責局機關及所屬單位的基本建設和物資設備計劃；檢查和指導本系統的財務和設備管理。
9.人事教育組
協助局黨組管理所轄縣(市、區)工商局領導班子；負責管理本系統的幹部、人事、機構和人員編制；負責本系統的基層建設和隊伍建設；負責本系統退休人員的管理和服務；組織實施幹部教育培訓；組織實施評選表彰工作；組織、指導和協調本系統的政治思想、黨的建設和精神文明建設工作；檢查和指導本系統的人事教育管理工作；指導市工商局幹部培訓中心的工作。
根據有關規定，紀檢組與監察室合署辦公，依照黨章和行政監察法履行職責。
按照《黨章》規定，設立黨委，負責局機關及直屬單位的黨群工作。
二、直屬行政事業單位的職能配置
1.檢查組的主要職責:
依法或者根據授權，查處本市行政區域內市場交易中的壟斷、不正當競爭、生產和銷售假冒偽劣產品、商業欺詐和侵害消費者合法權益的案件；查處所轄內陸地區的走私販私違法行為，配合有關部門開展反走私鬥爭；受理消費者投訴，處理消費者投訴案件，維護消費者合法權益；參與綜合治理，維護市場經濟秩序，受理上級機關和其他執法機關移送的違反工商行政管理法律法規的經濟違法案件。
2.外商投資企業登記管理分局的主要職責:
辦理授權登記管轄範圍內的外商投資企業、港澳臺商投資企業、從事經營活動的外國(地區)企業和外國(地區)企業常駐代表機構的登記，確認其企業法人資格和法律地位，並進行監督管理；負責查處轄區內外商投資企業的違法行為。
3.信息科技管理部門的主要職責:
組織電子商務和網絡經濟的監督管理；負責工商行政管理信息和統計匯總，分析決策信息；建立工商行政管理系統信息和法律法規數據庫，指導系統信息網絡建設。
4 .幹部教育培訓機構所屬人員的教育管理，主要職責:
落實國家、省、市工商局幹部教育培訓發展規劃；參與制定本系統幹部教育培訓規劃，開展加強和改進幹部教育培訓的調研活動；承擔或協調配合有關部門開展本系統幹部政治、文化和各項業務的在職培訓。
5.12315消費者投訴舉報指揮中心，主要職責:
受理屬於工商行政管理部門管轄的在購買、使用商品或者接受服務過程中侵犯消費者合法權益的投訴；受理對侵害消費者權益、制售假冒偽劣商品、不正當競爭、商業欺詐、虛假廣告、商標侵權和假冒偽劣等經濟違法行為的舉報；根據信訪舉報案件信息性質分類，及時向轄區各級機構和相關內設職能部門12315分發督辦，收集反饋意見；組織消費者投訴和舉報的現場調解，在處理突發緊急重大事件時提供指揮調度平臺；公布消費投訴熱點，發布消費警示，正確引導消費；負責投訴舉報信息的整理、分析、統計上報和儲備管理；指導相關社團組織、行業組織和市場主體開展消費者權益保護工作；提供工商行政管理法律、法規和規章的咨詢服務。