因為圍網養殖需要穩定的水位作為保障，增加了防洪和水位控制的難度。壹旦發生大洪水，堤防和涵洞出現危險，壹些湖區無法將應急設備和救災物資運上岸。大規模開采湖泊水面，大量投放餌料和排泄物，造成湖泊水質持續惡化，嚴重破壞湖泊生態。
洪湖起源於河道窪地湖泊，屬於貧-中等營養水平。汙染物主要是從幹渠轉移過來的，包括懸浮物、化學耗氧量、硫化物、氟化物、六價鉻、氰化物、砷。由於生態失衡，洪湖必須建立濕地自然保護區，發展生態農業。由於圍墾和過度捕撈，水面萎縮，水質下降，水生植物瀕臨枯竭，鳥類和魚類資源銳減。20世紀50年代，洪湖面積達到760平方公裏，而現在湖面面積銳減到348平方公裏，平均水深只有1.35米。
洪湖湖底常年盛產水生植物，被稱為水下“大草原”，歷史面積達44萬畝。加上漂浮植物如荷花、菱角、芡實等水生植物，成為壹個各級植物與水交融的世界。還有沈水植物35萬畝，挺水植物4萬畝。
良好的植被使得這個地區的物種相對豐富度極高。僅鳥類就有138種，其中水禽63種，是世界上重要的水禽越冬地和候鳥中途停留地。魚有57種，是名副其實的“魚米之鄉”。許多珍稀野生動植物在此棲息、繁殖、越冬，保存了淡水濕地的代表物種，被譽為“華中濕地資源基因庫”。
但近幾十年來，隨著湖面上養殖面積過大，水汙染逐漸加重，水生植物群落惡化，水生植物覆蓋率不足70%；野生動植物，尤其是水禽和魚類的種類和數量減少了。70年代以前，發現水禽112種和5個亞種(其中冬候鳥61種)，魚類81種。河湖封鎖後，魚的數量減少到57條，小型化趨勢明顯。
該自然保護區結合國家濕地保護與恢復、增殖與放流、有害生物水花生防治、良好湖泊生態環境保護試點等生態工程，使洪湖濕地生態發生了變化。水質從原來的四五類提高到了二三類。水禽數量從2004年的2000多只增加到65438+萬只，最多時達到30萬只。示範區內還發現了多年不見的國家壹、二級保護鳥類東方白合子、小天鵝、白琵鷺等。水生植物覆蓋率由過去的不足40%提高到80%以上，野生紅蓮面積恢復到6萬畝以上。增加了兩種新的魚。這些年來，投放了2億多尾魚蟹苗，個體魚已經發展到規模化。洪湖清水蟹已成為中國馳名商標。各項生態指標均達到上世紀80年代中期的水平，濕地保護正朝著良好、立體、可持續的方向發展。