喬丹帶來了他在公牛的老教練Doug Collins希望能把這只隊伍拉出爛隊的沼澤. 可惜雖然奇才獲得了爭奪季候賽門票的資格, 無奈兩年都沒有闖入季候賽. 但是喬丹還是留下了不少偉大的瞬間, 比02-03賽季剛過40歲的他拿下40分的高分.
2001年, 時任奇才球隊主席的喬丹走出了他的辦公室, 重新回到了籃球場. 由於年歲的增長, 他的球技已是大不如前. 盡管受到傷痛的折磨, 他還是每場拿下了幾乎23分. 帶著傷痛(尤其是膝傷), 他依然是球隊重要的壹員.
喬丹 02-03賽季穿著特殊設計能減輕膝蓋壓力的球鞋, 健康的回到了場上, 這壹次, 他場均拿下20分. 那壹年, 他打了他最後壹屆全明星賽, 賽季結束後, 他第三次和球迷們說了再見.
01-02賽季初, 喬丹捐了1百萬美元幫助那些911事件的受害者。
出於對喬丹的尊敬, 盡管他從沒為佛羅裏達的球隊效力, 邁阿密熱隊在03年4月11號還是退休了他的23號球衣. 這是邁阿密熱隊15年隊史中第壹次退役球衣. 那件衣服半邊是奇才藍另壹邊是公牛紅。
費城之戰是喬丹生涯的最後壹戰, 03年4月16日, 在有限的上場時間裏, 喬丹拿下15分但是沒能幫助奇才最終獲勝. 最後1:44秒, 喬丹投入他最後的兩粒罰球球，全場熱烈鼓掌長達3分鐘 可惜無奈奇才還是沒進季後賽.
04-05賽季, 沒有喬丹的奇才殺出重圍, 進軍季後賽, 第壹輪滅了公牛, 第二輪已橫掃的結局被被熱隊踢出了球賽。
他以壹個球員的身份離開了球場回歸了管理層, 他看著這些年輕的巨星們, 確信NBA運作良好. 在他的書--我所深愛的運動:我的故事(For the Love of The Game: My Story)中, 他這樣寫到:"這個世界上沒有所謂完美的籃球運動員. 我從來也不相信有壹個最偉大的球員. 每個人身處不同的時代, 我站在前人的肩膀上貢獻過我自己的才華. 我相信"偉大"是壹個時期壹個時期不斷進化的過程. 沒有Julius Erving, David Thompson, Walter Davis, 和Elgin Baylor, 就不會有Miachael Jordan. 我從他們那裏進化而來" 。
喬丹很喜歡證明他的反對者他們錯了, 在某場對稱猶他爵士的比賽中, 喬丹在後衛約翰·斯托克頓頭上灌了壹個籃, 壹個爵士球迷喊道"有本事灌個大個的!". 下壹個回合, 喬丹在6尺11寸, 285磅的中鋒Melvin Turpin頭上灌了壹個, 接著問到那個球迷:"這個夠大了吧?"