主要工作職責區別：
工商行政管理局主要工作職責：
（壹）負責市場監督管理和行政執法的有關工作，起草有關法律法規草案，制定工商行政管理規章和政策。
（二）負責各類企業、農民專業合作社和從事經營活動的單位、個人以及外國(地區)企業常駐代表機構等市場主體的登記註冊並監督管理，承擔依法查處取締無照經營的責任。
（三）承擔依法規範和維護各類市場經營秩序的責任，負責監督管理市場交易行為和網絡商品交易及有關服務的行為。
（四）承擔監督管理流通領域商品質量責任，組織開展有關服務領域消費維權工作，按分工查處假冒偽劣等違法行為，指導消費者咨詢、申訴、舉報受理、處理和網絡體系建設等工作，保護經營者、消費者合法權益。
（五）承擔查處違法直銷和傳銷案件的責任，依法監督管理直銷企業和直銷員及其直銷活動。
（六）負責壟斷協議、濫用市場支配地位、濫用行政權力排除限制競爭方面的反壟斷執法工作（價格壟斷行為除外）。依法查處不正當競爭、商業賄賂、走私販私等經濟違法行為。
（七）負責依法監督管理經紀人、經紀機構及經紀活動。
（八）依法實施合同行政監督管理，負責管理動產抵押物登記，組織監督管理拍賣行為，負責依法查處合同欺詐等違法行為。
（九）指導廣告業發展，負責廣告活動的監督管理工作。
（十）負責商標註冊和管理工作，依法保護商標專用權和查處商標侵權行為，處理商標爭議事宜，加強馳名商標的認定和保護工作。負責特殊標誌、官方標誌的登記、備案和保護。
（十壹）組織指導企業、個體工商戶、商品交易市場信用分類管理，研究分析並依法發布市場主體登記註冊基礎信息、商標註冊信息等，為政府決策和社會公眾提供信息服務。
（十二）負責個體工商戶、私營企業經營行為的服務和監督管理。
（十三）開展工商行政管理方面的國際合作與交流。
（十四）領導全國工商行政管理業務工作。
（十五）承辦國務院交辦的其他事項。
商務局工作職責 ：
1、貫徹執行對外經濟貿易和吸收外資的方針、政策和法律、法規、規章；結合本區實際，會同有關部門研究制定對外貿易、經濟合作和吸收外來投資的政策、意見，並組織實施。
2、根據本區國民經濟和社會發展總體規劃，研究制定本區對外經濟貿易的發展計劃、實施辦法；負責全區招商引資和出口貿易的統計工作，監督、分析全區對外經貿宏觀運行情況；負責海外市場開拓和貿易促進工作。
3、擬定全區招商引資的辦法並組織實施；建立招商項目庫，編制招商計劃，組織開展對外招商、談判等活動，負責外來投資項目的咨詢代理。指導鄉鎮、系統的招商工作。
4、核準國家規定權限以內的外商投資企業的設立；按規定權限審核、核準外商投資項目的合同、章程及其變更；依法監督檢查外商投資企業執行有關法律和合同、章程的情況；管理和協調外商投訴工作。
5、按照有關規定，協助企業辦理外經貿經營權、生產企業自營權，並對其備案登記；協助上級部門管理出口商品配額和進出口商品許可證，研究和推廣國際貿易慣例、通行規則及各種新貿易方式（含電子商務）；依法負責對外反傾銷、反補貼及保障措施中有關的事務，指導協調外國對涉及我區出口商品的反傾銷應訴；指導出口廣告宣傳。
6、按照有關規定，負責本區在海外設立貿易機構、企業和常駐辦事機構的審查報批工作；負責利用外國政府貸款的申報；指導和管理境外勞務輸出。負責來料加工貿易、轉口貿易和補償貿易等貿易業務的指導、協調、審批及管理。
7、負責全區橫向聯合和經濟技術協作的日常事務，會同有關部門組織全區大型經濟技術合作活動，推動跨地區、跨部門、跨行業的經濟技術聯合。
8、歸口指導外商投資企業協會、中國貿促會海陵支會（海陵商會）工作，並對其進行管理。
參考：工商局百度百科
/art/2012/7/2/art_3959_117508.html