目前有顆粒劑、片劑、丸劑、膠囊劑、軟膏劑、口服液、合劑、油劑八個劑型70多個產品，其中天目降壓片、止嗽清果合劑為國家新藥，感冒清熱顆粒、小兒感冒顆粒、小兒咳喘靈口服液、健兒消食口服液、六味地黃丸、黃連上清丸為山東省名優產品。
公司奉行三九醫藥“高技術、高質量、高效益”的經營理念，發揚“建設新三九、實現新跨越”的企業精神。用壹流的人才辦企業，用壹流的設備搞生產，向用戶提供壹流的產品，向社會提供壹流的服務。
山東三九制藥股份有限公司前身是棗莊中藥廠，地方國企。比深圳三九集團早三年合法註冊為“三九牌”商標，成為省著名品牌。三年後，深圳三九集團註冊了“999”商標。