中糧生化對環保流程實行嚴格的標準化管理。2000年，公司通過了ISO14001環境管理體系認證，成立了專門的環保部門，負責公司環保制度和操作規程的制定和審核，環保管理體系的建設，環保排放標準的檢查，各生產裝置跑、冒、滴、漏事故的檢查，環保治理的技術控制和推廣。公司按照國內先進標準進行過程控制，具有較為完善的監控和系統控制手段，致力於為公司生產系統提供可靠穩定的廢水處理運行系統。公司采用國內先進的廢水處理技術，“變廢水、廢渣為寶”，同時處理廢水時副產硫酸銨、飼料和沼氣；沼氣脫硫供鍋爐、食堂使用，溴化鋰作燃料，在壹定基礎上給公司帶來經濟效益。通過以上措施，汙染物排放總量大幅減少，為環境保護和淮河治理做出了應有的貢獻。