1.經濟影響:企業納稅申報出現問題，將被要求重新申報，繳納所欠稅款和罰款，增加企業經濟負擔。
2.信用影響:企業壹旦被稅務機關發現有違規行為，將受到信用等級降低、處罰、公示等影響，對企業的聲譽和信譽造成負面影響。
3.業務影響:稅務檢查需要企業配合提供相關資料，消耗企業的精力、時間和財力，影響企業的日常經營。
4、檢查、檢驗、盤點，與原始憑證對比，確認帳物是否相符；官方檢查走私、逃稅、違禁品等違法行為；公司和企業檢查或檢查內部違反流程或反程序的操作。對於專項檢查和行業整改，每年會下發壹個文件，確定今年國稅機關的檢查工作重點，確定壹個或幾個行業，分為強制性(必須檢查)和引導性(需要檢查)；區域專項治理由各省市稅務機關確定。當發現壹個地方的行業、地區或稅種存在嚴重的偷稅漏稅隱患時，會在壹個階段組織壹次專項檢查。重點稅源，總局有重點稅源企業名單，各省市縣區，理論上三年查壹次。