建築企業通過分公司簽訂合同是可以的。建築業企業的分公司取得相應資質後，可以獨立開展工程承包活動，包括簽訂工程承包合同。當然，由於分公司沒有法人資格，簽訂合同後，如果項目合同發生糾紛，總公司將承擔最終的違約責任。
法律依據
《公司法》第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
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