1986，政府認為肯尼亞航空私有化後會有更好的發展，所以第壹次嘗試航空私有化。1991年，規定了私有化的流程。肯尼亞航空領導公司的新內閣。1992，公共企業改革文件公布後，肯尼亞航空公司獲得了私有化的優先權。
2006年3月，肯尼亞航空公司KQ分公司贏得了“非洲航空公司”的年度大獎。在2006財年(2006年4月至2007年3月)，客運量達到創紀錄的260萬人次。肯尼亞航空公司是非洲最安全的航空公司之壹。
2007年9月4日，天合聯盟迎來了肯尼亞航空公司，並開始協助其辦理手續。
2010，肯尼亞航空公司正式加入天合聯盟。