南京地鐵集團有限公司擁有四家全資子公司:南京地鐵建設有限公司、南京地鐵運營有限公司、南京地鐵資源開發有限公司、南京地鐵城鎮開發建設集團有限公司。
南京地鐵集團有限公司有12個部門，集團定位為資本、資產、資源的平臺。通過建立和完善七項配套機制，四公司與建設、運營、資源開發、城鎮發展四公司協調良好，促使其集中精力完成南京地鐵自身建設、運營、資源開發、城鎮發展的任務。