北京協和醫學院基礎學院具有良好的學術交流與合作基礎，在國內外享有較高的聲譽和地位。許多專家在國際和國內學術機構中擔任重要職務。世界衛生組織(世衛組織)在其研究所(醫院)設有免疫學研究合作中心和遺傳病控制中心。中國免疫學會、中國生物醫學工程學會、中國解剖學會、中國生化與分子生物學學會醫學生化專業委員會、北京生理科學學會、中華醫學會醫學遺傳學學會等學術機構掛靠在所(院)內。《基礎醫學與臨床》雜誌由該所(院)和協和醫院合辦。
近年來，該所(所)在診斷試劑(基因和單克隆抗體)、基因工程藥物、中西藥物和高分子材料的研發方面取得了突出進展，與國內外20多家企業建立了良好的合作關系。申報發明專利100多項，授予發明專利16項，獲得新藥證書10項。其中，用於角膜創面修復和皮膚創面修復的重組人表皮生長因子滴眼液和凝膠分別獲得了基因工程I類新藥證書。
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