真核細胞成熟mRNA的5′末端均有壹個特殊的結構，即m7Gpp-pmnNp，稱為“帽”。帽的生成是在細胞核內進行的，但胞漿中也有酶體系，動物病毒mRNA加帽過程就是在宿主細胞的胞漿內進行的。
（2）3′末端加“尾”
mRNA前體分子的3′末端有壹段保守序列，由特異的核酸內切酶切去多余的核苷酸，然後在多聚A聚合酶的催化下，由ATP聚合生成多聚A尾。該反應在核內發生，在胞漿中也可繼續進行。
（3）堿基修飾
mRNA分子中有少量稀有堿基(如甲基化堿基)是在轉錄後經化學修飾(如甲基化)而形成的。