采用人工填充的天然河砂（天然河砂選用壹定的顆粒級配），並摻入壹定量的功能性特殊填料，以保證既有較高的水力負荷，又能滿足出水的處理目標。處理受汙染的河水，水力負荷為2 m/(m2·d)以上，出水水質可達國家地表水III類水質標準，可作為飲用水源水。對於生活汙水水力負荷可達1 m/(m2·d)以上，出水質量達到或優於二級處理出水標準，CODCr壹般在40 mg/L以下，最低小於20 mg/L；BOD5壹般在20 mg/L以下，可作為中水回用。
CRI系統采用幹濕交替的運轉方式，即在各滲池裏淹水和落幹相互交替。可采用自動控制和人工管理相結合的方式，並定期進行翻耕。CRI系統凈化機理包括過濾、生物膜作用以及吸附三個過程。有機汙染物的去除主要由過濾截留、吸附和生物降解作用***同完成；SS通過預處理和過濾作用去除；氨氮通過硝化（落幹）和反硝化作用（淹水）脫氮；磷則與滲濾池內的特殊填料形成磷酸鈣沈澱而去除。