軟件著作權與專利之間存在顯著的法律、期限、申請流程和效益方面的差異。首先，軟件著作權基於《著作權法》和《計算機軟件保護條例》，而專利保護則遵循專利法，具體審查標準參照國家知識產權局的指南。著作權保護期較長，創作者及其後代50年，而專利期限為自申請日起20年，期間需要年費續繳，否則專利權將失效。
其次，軟件著作權的產生是自動的，登記可增強維權效力，且享有稅收優惠和國家補貼，而專利需主動申請，遵循"公開換取保護"原則。軟件著作權登記成功率高，發證周期通常較短，6-12個工作日可完成，有利於搶占市場和獲取資助。相比之下，軟件專利申請過程復雜，成功率相對較低，尤其純軟件專利授權困難，軟硬件結合可能提高授權率。
最後，軟件著作權的保護更註重形式，不公開即可獲得保護，而專利申請則要求公開創新內容。軟件著作權的保護期長達50年，無後期維護費用，而專利則需年年繳費。總的來說，兩者各有側重，選擇哪壹種形式取決於創新者的需求、保護策略和市場策略。