由於其殺菌作用，口服亞甲藍或用其溶液沖洗，可治療膀胱炎和尿道炎。此外，亞甲藍進入人體後30分鐘(註射)至數小時(口服)內會從尿液中排出，導致尿液暫時呈藍色，因此也用於腎功能測定。在觀賞魚的養殖中，0.1-0.2ppm的亞甲基藍溶液也用於消毒或治療白斑病等疾病。
擴展數據:
危險描述:
口服-大鼠LD50:1180mg/kg；口服小鼠LD50:3500毫克/千克。
高濃度的亞甲藍溶液氧化血紅蛋白，產生高鐵血紅蛋白。原因是該產物大量進入體內，還原型輔酶I脫氫酶(NADPH)生成減少，使其不能完全轉化為還原型亞甲藍，氧化亞甲藍量大，血紅蛋白氧化為高鐵血紅蛋白。？
靜脈註射亞甲藍溶液，當劑量過大(500mg)時，可引起惡心、腹痛、心前區疼痛、頭暈、頭痛、出汗和意識不清等不良反應。
百度百科-亞甲基藍