英雄工廠的故事發生在壹個名為麻古英雄之都的未來高科技城市，英雄們在英雄工廠中誕生，被派往宇宙各地執行任務，處理各種銀河問題，比如外星人入侵、自然災害、罪犯等等。有壹次，保保和他的下屬轉子(雖然轉子不承認自己是他的下屬)攻擊運送c-4000炸藥的α1小隊，但是精煉的α1小隊很快突破重圍，自爆逃脫，把自己的下屬交給英雄處理。但攻方認為此事並無危險，於是請來了壹個α1戰隊的新兵:華，頗有實力。於是，為了抓轉子和整個惡霸團，故事開始了。......
第二集:動能核危機
華光對他的轉子被捕幸災樂禍。惡霸、制弦人、突如其來的海浪和微風還在清理他們在利馬五號星球炸藥廠留下的爛攤子。當微風和技術團隊，英雄工廠收到警報，然後壹個強酸跳過利馬5號行星。那不是別人，正是骨頭。當突波即將被強酸融化，被繩子綁在空中的鋼鐵擊中時，巨霸推開突波，被鋼鐵壓住。情況緊急，暴風沒有充滿電，其他隊伍或多或少都有問題。只有華光是最合適的人選。。
第三集:體內的敵人
第四集:星雲馮第五集:火王攻擊
尼斯沃恩事件後，宇宙暫時和平。然而，壹個名叫火王的刺客和他的噴火爪牙襲擊了22號加油站以奪取能源。英雄們試圖阻止噴火惡霸，卻在起跑線上慘敗。英雄們得知噴火惡霸來自塔羅斯5號采礦星球，突襲者似乎也有所了解。與此同時，馬古勒大師發布了壹項關於市中心英雄工廠的新專利:升級。後來為了讓其他玩家逃脫，須藤用自己做誘餌破壞能量，吸引了噴火惡霸的註意力，讓強攻等人逃脫。馬師傅被隊友的堅持所感動，讓他們用不成熟的技術升級到2.0進行二次動作。大俠們能否成功救出須藤，摧毀噴火惡霸的夢想？第六集:叢林星球(上)
新兵羅卡在回瑪古英雄之都的宇宙航線上收到了求救信號。信號的發布者是奧爾德斯教授，他曾經在英雄工廠工作。他也是突擊的導師，卻因為過度追求跨石能量而被英雄工廠流放。洛卡沒有聽從教官的命令，跑到了被困在奧爾德斯的跨特提斯星球。Trans-Tete是宇宙中唯壹可以提供trans-rock能源的星球，但是這個星球幾年前就停止開采了。洛卡發現這個曾經富饒的星球現在已經變成了壹片荒野，因為奧爾德斯已經變成了壹個邪惡的巫醫，用巖石控制了當地的生物，並為他賣命。洛卡立即被擊倒，導致正在打機械籃球的α1團隊成員立即沖向集合塔，升級野獸營救洛卡的能力。事情會以什麽形式發展？......
第七集:叢林星球(下)
英雄們在華光和洛卡的帶領下，分兩路前往神廟。洛爾卡小組通過舊傳送帶到達，華光小組步行。但是當洛爾卡團隊來到神廟的時候，發現他們被傳送機減少了，遇到了壹點小麻煩。華光的隊伍正走在路上，但被壹個巫醫控制的野獸攔住了。華光團隊與之殊死搏鬥，才發現根本沒有這回事，但是制弦人不小心拔掉了毒蜂的十字石芯，讓毒蜂的怪恢復了正常。他們在巨蠍怪身上也用了同樣的方法，同樣奏效，讓他們可以更快到達神廟。到達神廟後，洛爾卡和襲擊者被抓住了，惡霸逃脫了，去尋求華光團隊的幫助。於是，華光等人吸引了巫醫的註意，救出了洛爾卡和突擊，並給傳送裝置充能，使洛爾卡的小隊恢復正常規模。突擊和巫醫算舊賬時，華光等人躲在壹個山洞裏，發現了奧爾德斯當教授時帶來的盔甲，於是華光讓奈茲執行變身任務。戰鬥中進攻處於劣勢。就在攻擊註定的時候，巫醫身後出現了壹個強大的身影。這是Nez工業的結晶——超級洛卡。雖然有強大的武器，但是英雄沒有足夠的時間在那裏戰鬥。如果我們不趕快把石頭還給星球的母體，星球就會永遠消失。。。。第八集:越獄(上)
“華光的又壹次勝利！”華光和洛卡逮捕了另壹名囚犯萊克。在他們聊天，罪犯嘲笑萊克的時候，萊克通過電能釋放了星雲馮的意誌，從而開啟了黑洞星雲，使所有罪犯越獄。於是英雄工廠派出所有的英雄去抓幾百個越獄的罪犯。任務代號是:星夜降臨！只有洛卡沒有被派去執行這項任務，所以他留在拘留中心研究黑洞星雲。然而，就在這個時候，壹個叫暗黑破壞神普雷斯丁的惡霸在沒有英雄的時候進入了英雄工廠，試圖將它的資源占為己有，摧毀英雄工廠，但他不知道洛卡還在看守所裏。洛卡在秘密通訊頻道上與齊布進行了壹次對話，齊布非常驚訝，因為只有少數洛卡級別的新兵才能知道這個頻道。然後暗鬼用反跨石能量打暈教官，打開護盾。洛爾卡能活下來嗎？
第九集:越獄(下)
(此段涉及劇透註意)完成任務的英雄們回來了，他們也找到了保護罩，所以找媒體幫個小忙:聲稱沒有任何英雄回廠，英雄工廠就註定了。於是黑暗幽靈放松了警惕，洛卡打開了馬古樂大師的辦公室。他進去合上護盾，英雄們沖進來得知洛卡是HRT英雄精英隊的壹員。當翼豪打開裝配塔的大門時，黑暗幽靈正在計劃自我升級。英雄們與紅蜘蛛決壹死戰，翼豪發揮智慧，讓暗鬼損失慘重。
事件發展順利，多位英雄逮捕罪犯，返回工廠。齊布也明白為什麽洛卡知道秘密通訊頻道。但就在這個時候，他們發現壹份關鍵文件被黑暗幽靈發給了壹個秘密用戶。這份文件是:整個英雄工廠的設計圖。第十集:大腦入侵
越獄之後，馬古的英雄之都再次迎來了和平。沒想到，在遙遠的月球上，壹場針對英雄工廠的巨大陰謀正在策劃中。
月球上壹個神秘的惡霸制造了壹支龐大的腦蟲大軍，並把他們發射到馬古英雄之都周圍的叢林、荒地、冰原和火山中...這些腦蟲寄生在本地生物身上，獲得這些生物的力量，同時控制這些生物，對英雄工廠發起攻擊。
英雄工廠收到信號後升級了各種設備。為了保護自己星球的生物安全，英雄們放棄高科技武器，使用普通武器和掃描儀掃描腦蟲的位置。就在他們準備打退腦蟲軍團的時候，壹個巨大的身影像噩夢壹樣從他們頭頂飛過，目標正是——英雄工廠...第11集:地下危機。
在另壹個城市，安坡市，幾名工人準備修建壹條地下隧道來改善城市交通。當鉆機無法啟動時，它神秘地消失在洞裏。三名工人決定壹探究竟，卻被壹閃而過的神秘生物帶走。翼豪得知情況後，駕駛英雄工廠新研發的步行機——步行機前去調查。沒想到，又壹個工人在他眼前消失了，他發現英雄們有大麻煩了。他們面對的敵人比自己大得多，他們需要戰鬥機器！
英雄工廠立刻在洞口設置了組裝機，建造了專用的戰鬥機器，清理了暗坡城內正在破壞的龐然大物。但是這次攻擊，華光被巨獸抓回了洞裏。
暗坡城的龐然大物被擊中了，但他們必須找到鉆機和他們被俘的隊友，於是他們調整了機甲，進入了地洞。英雄們在壹堆看起來像昆蟲繭的東西中找到了失蹤的工人和新孵化的跳躍獸。事後英雄們不小心分散在水晶隧道和磁場中進行戰鬥，但是突如其來的波也被磁場捕捉到了。......
最後，英雄們來到了怪物的巢穴。他們找到了三個被俘的英雄，大量的蟲繭和怪物的首領——女王獸。......
華光在英雄工廠的新兵中很有潛力，連馬可波羅/馬可波羅英雄之都的創始人都對他很有信心。雖然華光壹直想證明自己的實力，但因為尼斯沃恩事件的陰影，他壹直不被允許親吻隊長。
自我行動雖然第壹集的攻擊命令華光逮捕轉子，但由於華光資歷較淺，轉子死亡，轉子被釋放。那天，華光壹直訓練到筋疲力盡。在壹次報警電話中，光華得到了壹次展示自己的機會。當然，他沒有錯過這個機會，捕捉到了旋翼，得到了攻擊的認可。與此同時，華光在心理學上也有所建樹，因為在《體內的敵人》中，華光通過說“壹個被突如其來的海浪襲擊的巨大廣告牌”和對廣告牌的憎恨，發現了廣告牌旁邊的強大攻擊。在星雲馮，華光和突擊壹起打敗星雲馮，並取得突擊信任。《叢林星球》中，他在最後關頭配合巨霸打破了發射出去的石頭穿越罐子，讓跨星球恢復了正常。在《越獄》中逮捕犯罪的劍顎鯊魚。“大腦入侵”有xl形態和船長的身份。《地下攻防戰》中駕駛噴射裝甲雖然華光在後面的故事中成就越來越高，但主角的感情卻越來越淺。1.0的武器是火焰刃並有火焰摩托，2.0有激光掃地機，3.0有禿鷹噴射器和鋒利的刀刃，4.0有水下噴射系統和高壓魚叉，5.0有火焰劍和火焰盾，6.0的噴射甲使用火焰鏢和噴射系統。
α1團隊的老隊長，有著豐富的戰鬥經驗和團隊管理能力，從不讓新兵幹大事。當他還是壹名新兵時，他被尼斯·沃恩事件擊垮了，但這種心理陰影消失了，因為後來華光和他壹起打敗了星雲·沃恩。討厭虛假廣告和貼著他照片的巨幅廣告牌。有意思的是，他和火王有壹些不為人知的過節，和巫醫有師生戀，和動能核獵人有隊友關系。這些都是hf系列的boss。
1.0的武器是冰風暴槍，下端鋸齒狀，可以凍出冰刃(當然和普通冰壹樣容易破)。2.0的武器是激光槍，3.0的武器是犀牛手套。他的xl形態出現在4.0，有迷妳無人機，有冰凍劍，變成了只在動漫裏出現的摩托車。
開著冰櫃鐵甲in Car(火焰摩托不同顏色)6.0，重金屬重拳，冰凍爆裂槍，導彈洶湧，可以說是壹個很幽默的人物，喜歡吐槽的同時抱怨身邊的事，和華光，青峰關系都很好。
1.0的武器是閃電拳套，可以發射閃電刃。2.0的武器是禮花槍，沒有3.0形態。4.0有阿爾法磁引力靴和閃電刀。5.0有電波突擊炮，飛翼，飛翼上有導彈。6.0駕駛戰鬥機甲，帶粘液球，導彈等裝置。α1的唯壹女主角和花漫風格略有不同。
1.0武器是旋風旋轉刀，2.0是鋸齒切割盾，沒有3.0的造型。4.0是納米盾，突擊槍和劍，5.0是鋸齒盾和弓，6.0控制跳蚤機甲。有壹定的火力，有很長的英雄工廠鉤線匠經驗。評價他和巨霸是英雄工廠最好的戰士。制弦人記性差，但對突擊和機械籃球很了解。
1.0中的和弦制作人的武器是音爆槍，2.0只出現在動畫中，他仍然使用1.0中的音爆槍作為武器，3.0作為熊掌，4.0作為形狀類似吉他的納米音爆槍α1團隊的老成員。他是英雄工廠最好的戰士，典型的大人物，愛讀書，有氣質。
1.0武器是重力槍，2.0只出現在動畫裏武器不出現，3.0是尖刺和手刀，4.0是側翼槍和突擊槍，5.0是鉆頭，鉆頭上有壹枚導彈。6.0駕駛巨型鉆機裝甲，有大鉆和六個導彈翼。郝是個優秀的炮手，他的特長是在必要的時候出手。火王攻擊中非常淡定優雅(鉆機妖:“這家夥怎麽了？”他的移動緩慢的“熔巖怪物”可能是他的電池電量低了，妳不覺得嗎？”)但在後來的故事中，他和任何壹個新兵壹樣謙虛，有問必答。而他在《越獄》中表現突出，在《下水道》中執行任務，在《地下攻防》中擁有機甲機甲、超級機甲、蜘蛛機甲三種機甲。
2.0武器是火炮，沒有1.0和3.0形態，4.0是耐酸甲和突擊炮，5.0是三叉戟，6.0機甲有膠漿球發射器，超級機甲有膠漿球發射器，大拳頭，4導彈和雷達，蜘蛛機甲有噴射裝置和膠漿球發射器，有能充英雄的能量倉。Naiz是英雄工廠的通訊專家。他喜歡和別人打交道，動手能力很強。
2.0武器是雙向鋸齒，沒有1.0外形，3.0是虎爪，4.0是激光射線和突擊槍。
洛卡是僅次於華光的第二第壹英雄，抓壞人的戰績和華光壹樣，但他其實是英雄精英隊的壹員，負責調查星雲球的動向，判斷惡霸故意讓英雄拿回星雲球，目的是陰謀更強，判斷力強，主動出場率高。
2.0只出現在動畫中沒有武器特性，沒有1.0的外形，3.0是獅王之爪的金獅，xl出現在3.0，有火炮發射器，重金屬裝甲和獅王之爪，4.0有納米離子盾和弓箭槍，5.0有鋸齒盾和極限光劍，jet出現在5.0，有2個粘液球發射器和4個炮彈。這架飛機有壹個強大的噴射裝置。6.0有三種機甲:隱形機甲，捕手機甲，格鬥戰機。隱形機甲可以隱形，有粘液球發射器和抓鉗。捕手機甲有鋸齒和照明系統。格鬥家是用突波從格鬥機甲中分離出來的飛行器。
爆發
爆裂是星雲蕨的惡霸。他有壹把大刀和強大的炮彈。1.0結束時，被Alpha 1戰隊擊敗俘虜。
旋翼
壹個背上帶著巨大螺旋槳的惡霸，壹個帶著重炮和輕炮的爆裂搭檔，後來被華光逮捕了。
僵化
壹個陰險的惡霸，在第二集中，給英雄們造成了很大的麻煩，他身後還有
雙手都裝備了可以噴硫酸的綠色爪子，抓到1.0的末端。
核熔化
壹個有著童心的惡霸，拿著壹條綠鞭和壹把小槍，可以用壹些毒藥殺死敵人。
成為自己的盟友。第三集突擊和壹個警長瘋了，1.0結尾被抓。
霹靂
星雲蕨的左右手有兩把重武器，在1.0的結尾被抓。