兩者有以下主要區別：
1. 植物新品種和發明專利之間的本質屬性不同。
植物新品種不屬於發明創造，只是對現有植物的改造。植物新品種是對自然界原有產物的改進和利用，不是人們創造出來的壹種全新的產物，不能以工業方法生產出來，因而不具備專利法意義上的創造性，故專利法規定對其不授予發明專利權。專利法上所稱的發明創造，是指對產品、方法或者其改進所提出的新的技術方案。主要包括產品發明和方法發明兩類。植物新品種和發明專利相比較，前者是改造，後者是創造；前者是結果，後者是程序；前者保持穩定性，後者追求發展性。
2. 植物新品種權和發明專利權的授權條件不同。
授予專利權的發明，應當具備新穎性、創造性和實用性。申請品種權的植物新品種，應當具備新穎性、特異性、壹致性、穩定性和有適當的命名。兩者相比，除對新穎性的衡量標準不同外，主要區別在於：授予專利權的發明要具有創造性和實用性；授予品種權的植物新品種只要求具有特異性，不要求具有創造性和實用性。
3. 植物新品種權和發明專利權的保護範圍不同。
《國際植物新品種保護公約》的兩個文本和我國的《植物新品種保護條例》都明確規定品種權的保護範圍，是授權品種的繁殖材料 。品種權說明書雖包括植物新品種的系譜、培育過程和所使用的親本或者其他繁殖材料來源與名稱的詳細說明等內容，但依據說明書公開的內容不能再培育出該申請品種，說明書的內容不是植物新品種的遺傳信息的載體，不必也不能成為品種權保護的範圍。植物新品種的遺傳信息通過繁殖材料實現代代相傳，繁殖材料才是品種權的保護範圍。品種權保護的是實物，是可以繁殖新品種的材料。
發明專利權的保護範圍，是其權利要求的內容。權利要求應當以說明書為依據，清楚、簡要地限定要求專利保護的範圍；說明書應當對發明作出清楚、完整的說明，以所屬技術領域的技術人員能夠實現為準。發明專利所屬技術領域的技術人員按照說明書公開的技術方案可以再現該發明，發明專利的思想通過說明書實現人人相傳，其權利要求的內容是發明專利權的保護範圍。發明專利保護的是思想，是可以制造專利產品的技術。
4. 植物新品種和專利產品的生產方式和後果不同。
授權品種的繁殖材料和專利產品，雖然都可生產，但是兩者的生產方式和後果不同。
專利產品的生產方式是制造；通過制造再現專利產品。制造是生產原先沒有的，如用配件制造汽車；制造出的產品與所用原料的性能和形態都不同。這種生產是把壹個物品或物質改變成另壹個物品或物質，發生了質的變化。
植物新品種的生產方式是繁殖；通過繁殖實現植物新品種的繁衍。繁殖是生產原先已有的，如種瓜得瓜、種豆得豆；收獲的瓜或豆與種植的瓜或豆之間的特征特性都相同。這種生產只是量的變化，不發生質的變異。
5. 生產授權品種和發明專利產品，對權利人和繁殖材料的依賴性不同。
（壹）生產授權品種，對品種權人具有依賴性。
授權品種的繁殖材料，必須來自品種權人（包括直接的或間接的、合法的或非法的）。沒有品種權人提供授權品種的繁殖材料，任何人都不可能依據申請公告公告的對育種過程和育種方法包括系譜、培育過程和所使用的親本或者其他繁殖材料來源與名稱的詳細說明生產出授權品種及其繁殖材料。沒有品種權人提供，任何人都不可能獲得授權品種的繁殖材料。授權品種的生產，對品種權人合法授權並提供繁殖材料，具有依賴性。
專利產品不同，所屬技術領域的技術人員，自公報的專利申請說明書中獲知申請人對發明作出的清楚、完整的說明內容，即能夠實現該專利。專利產品的生產，對專利權人沒有依賴性。
（二）生產授權品種，對繁殖材料具有依賴性。
沒有授權品種的繁殖材料，任何人（包括品種權實施的被許可人或品種權轉讓的受讓人以及所屬技術領域的全部技術人員）都不可能生產出授權品種及其繁殖材料。有了授權品種的繁殖材料，任何人即使不了解授權品種的育種過程和育種方法（包括系譜、培育過程和所使用的親本或者其他繁殖材料來源與名稱的詳細說明），即使不是所屬技術領域的技術人員，也能“種瓜得瓜”、“種豆得豆”。也就是說，生產授權品種的繁殖材料，對授權品種的繁殖材料，具有絕對的唯壹的依賴性。
專利產品與授權品種不同，所屬技術領域的技術人員只要自公報的專利申請說明書中獲知申請人對發明作出的清楚、完整的說明內容，沒有專利產品，也可以制造出專利產品。制造專利產品依賴的是專利技術，對專利產品沒有依賴性。