從事中醫防治呼吸病、慢性病及疑難雜病近30年，精通於《內經》、《難經》、《脾胃論》、《諸病源候論》、《神農本草》、《傷寒雜病論》、《本草綱目》、《千金方》等古醫籍。幾十年如壹日堅持門診、查房，累計接診來自美國、日本、加拿大、港澳及國內三十余個省市肺纖維化、塵肺病、肺癌、哮喘、中醫慢性病和疑難雜病患者近十余萬人次。
壹、中醫防治肺纖維化、塵肺病、肺癌方面
在中醫研究肺纖維化方面，提出了陰陽平衡學說為總綱，“維持、調整、調節陰陽平衡”為宗旨的觀點。確立了肺纖維化正氣不足為本，風毒、寒毒、暑毒、濕毒、燥毒、火毒、氣毒、痰毒、瘀毒損傷肺絡為標的病因病機新學說，佐證了“肺經”、“肺與大腸”在肺纖維化發病方面的因果關系，奠定了我國中醫防治肺纖維化的理論基礎。撰寫了我國第壹部中西醫結合診治肺纖維化專著，主持研發了《養陰益肺通絡丸》、《仙芪扶陽固本丸》、《康益咳喘貼》等肺纖維化專業制劑，創建了肺纖維化“十位壹體綜合療法”，填補了我國中醫防治肺纖維化領域的空白。臨床診治肺纖維化患者達1萬余人，大大提高了患者的生活質量和生存率，使肺纖維化患者看到了生的希望。2010年肺纖維化科研成果成功進入上海世博會，讓中醫防治肺纖維化走在了世界領域的前沿。
在塵肺病的研究上，提出了“正氣不足、毒損肺絡”的病因病機學說，制定了“扶正固本”、“導痰化痰”、“活血化瘀”、“軟堅散結”標本兼治的治療原則，總結並研發了防治塵肺病的《康益塵肺病五聯療法》，臨床診治和全國會診、義診塵肺病患者達5000余人次。是“健康呼吸萬裏行”全國大型救助塵肺、肺纖維化公益活動發起者之壹。
在肺癌研究上，提出了對中、晚期肺癌患者應用“中醫化療”方案與“中醫外治”方案相結合的綜合療法，在提高癌癥患者生存率、緩解疼痛方面有較好的臨床療效。所研制的《肺積協定方》具有滋陰益氣、清熱解毒、軟堅散結之功效，榮獲國家發明專利，其科研成果榮獲北京懷柔區科技進步壹等獎和北京金橋工程項目二等獎。
二、中醫膏方防治疾病和調理養生方面
自2007年開始從事中醫膏方研究，5年間累計接診1000多人次，配置膏方3000多料，並將“中醫膏方”成功引入“冬病冬防”防治體系。
在臨床上將“中醫膏方”廣泛應用於防治肺纖維化、塵肺病、哮喘等呼吸病；痹癥、腦絡痹、消渴證、脾胃病、肝病、腎病等中醫慢性病；小兒食積、小兒哮喘等疑難雜病；亞健康狀態和調整人體九種體質（平和質、氣虛質、陽虛質、陰虛質、痰濕質、濕熱質、血瘀質、氣郁質、特稟質）；男女孕前健康調理；高血脂、高血壓、肥胖癥等心血管代謝性疾病，並取得了滿意療效。
提出“膏方”防治疾病時應掌握的“十個指導思想”和“兩個創新”。“十個指導思想”即：①掌握陰陽、正邪平衡；②掌握“天人合壹”的整體觀念；③掌握辨識人體九種體質；④掌握膏方君臣佐使配伍平衡；⑤掌握膏方與四時季節、南北規律的平衡；⑥掌握膏方的辨病、辨證；⑦掌握膏方的制作方法；⑧掌握膏方的口感；⑨掌握膏方的療程療效；⑩掌握膏方的配合飲食調理。“兩個創新”即：①把傳統膏方煉制方法與現代多功能濃縮機相結合；②把冬季進補膏方拓展為四季進補膏方辯證施治防病。
三、中醫冬病夏治方面
依據“春夏養陽”、“天人相應”、“不治已病，治未病”的理論思想，提出在炎熱的夏季通過大辛大熱的藥物對任督二脈、膀胱經的作用，促使腎精化生“元陽”之氣和促使脾胃功能健運而化生“衛陽”之氣，而達到陰陽平衡的治療思想。依據此理論發明了《冬病夏治FBP方案防治呼吸病》的指導思想和研發了《康益咳喘貼》和穴位拔罐之“冬病夏治”中醫藥幹預方案，並面向全國基層呼吸病醫師培訓“冬病夏治”療法，使國內外50余萬哮喘、肺氣腫、喘息型慢性支氣管炎及肺纖維化、塵肺患者受益。
四、中醫冬病冬防方面
“冬病冬防”是“冬病夏治”的壹種延續治療手段，依據《黃帝內經》之“腎之元精化生元陰、元陽”、“秋冬養陰”、“秋收冬藏”、“天人相應”、“不治已病，治未病”的理論思想，董瑞院長認為在秋冬季節服用滋補腎精的藥物，有利於腎精的化藏，提出在寒冷的冬季級三九天，應根據體質、疾病辯證施治給予具有滋補作用的“中藥膏方”及外用“穴位貼膏”治療肺纖維化、塵肺病、慢性病、疑難雜病及亞健康狀態。