近年來，發表學術論文60余篇，其中SCI論文20余篇；主編教材1部、副主編學術專著2部，參編教材和學術專著5部，其中全國統編教材3部；申請國家發明專利13項，授權3項；獲得教學科研獎勵10項，其中，山東省高等學校優秀教學成果壹等獎1項，國家海洋局科技進步二等獎1項。
部分主要代表性論文
1.FAN Tingjun, ZHAO Jun, FU Yongfeng, CONG Rishan, GUO Ruichao, LIU Wanshun, HAN Baoqin, YU Qiutao, WANG Jing.Establishment of a novel corneal endothelial cell line from domestic rabbit, Oryctolagus curiculus. Science in China Ser C-Life Sci,2007,50(1)1-9.
2.Tingjun Fan and Chiaki Katagiri. The mode of action on vitelline envelope of Xenopus hatching enzyme as revealed by its two molecular forms. Zoological Science, 1997, 14(1): 101~104.
3.Tingjun Fan and Chiaki Katagiri. Properties of Hatching Enzyme from Xenopus Laevis. European Journal of Biochemistry, 2001, 268(18):4892-4898.
4.Ting-Jun FAN, Ling-Yun JIN, Xiao-Feng WANG. Initiation of cartilage Cell Culture from skate, Raja porasa Günther. Marine Biotechnology, 2003, 5(1): 64-69.
5.Ting-Jun Fan and Xiao-feng Wang. In vitro culture of embryonic cells from shrimp Penaeus chinensis. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2002, 267:175-184.
6.FAN Ting-Jun, HAN Li-Hui, CONG Ri-Shan, LIANG Jin. Caspase Family Proteases and Apoptosis. Acta Biochimica et Biophysica Sinica, 2005, 37(11): 719-727.
7.FAN Ting-Jun, JIN Ling-Yun, WANG Xiao-Feng. Effects of Basic Fibroblast Growth Factor and Insulin-like Growth Factor on Cultured Cartilage Cells from Skate Raja porasa. Oceanologia et limnologia sinica, 2003, 21(4):305-311.
8. 樊廷俊*，趙君，付永鋒，叢日山，郭瑞超，劉萬順，韓寶琴，於秋濤，王晶：家兔(Oryctolagus curiculus)角膜內皮細胞系的建立，中國科學C輯-生命科學，2006, 37(1):1-8.
9.樊廷俊, 片桐千明：非洲爪蟾孵化酶的分離純化及其部分生化特性研究，生物化學與生物物理學報，1998, 30(1): 75-80.
10.樊廷俊，夏蘭、韓貽仁：線粒體與細胞雕亡，生物化學與生物物理學報，2001, 33(1):7-12.
11.樊廷俊，汪小鋒：中國對蝦(Penaeus Chinensis)酚氧化酶的分離純化及其部分生物化學特性的研究，生物化學與生物物理學報，2002，34(5):66-71.
12. Li BJ, Fan TJ*, Yang LL, Cong RS, Li L, Sun WJ, Lu CX, Shi ZP. Purification and characterization of hatching enzyme from shrimp Penaeus chinensis. Arch Biochem Biophys. 2006, 451(2): 188-193.
13.Zhen-Ping SHI, Ting-Jun FAN*, Ri-Shan CONG, Zhi-Hong TANG, Xiao-Feng WANG, Wen-Jie SUN and Ling-Ling YANG. Purification and Characterization of Hatching Enzyme from Flounder Paralichthys olivaceus. Fish Physiology and Biochemistry, 2006, 32:35?42.
14. Lv Cui-Xian, FAN Ting-Jun*, HU Guo-Bin, CONG Ri-Shan. Apoptosis-inducing Factor and Apoptosis. Acta Biochimica et Biophysica Sinica, 2003, 35(10): 881-885.
15.付永鋒，樊廷俊*：Bcl-2家族蛋白與細胞雕亡，生物化學與生物物理學報，2002，34(4):389-394.
16.鐘其旺，樊廷俊*：魚類抗凍蛋白的的研究進展，生物化學與生物物理學報，2002，34(2):124-130.
17.John D. Stubbs, Xiao-rong Tang, Ting-jun Fan, Stan DeBella. A China/United States partnership for secondary school biology lesson plans introducing concepts of molecular biology and genomics linked with ecosystem studies. Molecular Biology of The Cell, 2000, 11(suppl.): 118.
18.Guangxing Liu, Lingling Yang, Tingjun Fan*, Rishan Cong, Zhihong Tang, Wenjie Sun, Xianghong Meng and Liyan Zhu. Purification and Characterization of Phenoloxidase from Crab Charybdis japonica. Fish and Shellfish Immunology, 2006, 20(1): 47-57.
19.Rishan Cong, Wenjie Sun, Guangxing Liu, Tingjun Fan*, Xianghong Meng, Lingling Yang, Liyan Zhu. Purification and Characterization of Phenoloxidase from clam Ruditapes philippinarum. Fish and Shellfish Immunology, 2005, 18 (1): 61-70.
20.樊廷俊，片桐千明：非洲爪蟾孵化酶的cDNA結構及其部分生化特性研究，生物工程學報，1998, 14(3):287~293。
21.樊廷俊, 片桐千明: 蟾蜍細胞溶素的純化及其生化特性研究。中國生物化學與分子生物學報, 1999，15(3):436~439。
22.樊廷俊：非洲爪蟾兩種孵化酶分子對卵黃膜作用機制的探討。動物學報，2000，46(3):308-313。
23.樊廷俊，汪小峰，史振平，晉淩雲，汪岷，朗剛華，童裳亮：堿性成纖維細胞生長因子(bFGF)與胰島素樣生長因子Ⅱ(IGF-II)對中國對蝦淋巴細胞培養物的協同誘導作用。海洋學報，2001, 23(5):180-184.
24.李淩，樊廷俊*，汪小鋒，叢日山，於秋濤，鐘其旺：鹵蟲(Artemia salina)孵化腺細胞分化時相的免疫細胞化學研究，實驗生物學報，2004, 37(2): 157-164.
25.汪小鋒，樊廷俊*，叢日山，胡國斌：幾種免疫促進劑對中國對蝦(Penaeus chinensis)血細胞數量、形態結構以及酚氧化酶產量和活性的影響，水產學報，2005, 29(1):66-73.
26.樊廷俊，杜玉堂，叢日山，孫文傑，湯誌宏，袁文鵬，石瑩，耿曉芬，李明玉：羅氏海盤車腕再生過程的組織學研究，中國海洋大學學報，2005，35(4):559-563.
27.樊廷俊，杜玉堂，叢日山，於苗苗：棘皮動物再生研究進展，中國海洋大學學報，2007, 37(4):563-568.
28. 袁文鵬，叢日山，楊秀霞, 杜玉堂，荊昭，王衛衛，張春陽，樊廷俊*：水溶性海參皂苷的分離純化及其抗真菌活性研究，山東大學學報，2007, 42(5): 69-73.
29. 王晶，樊廷俊*，姜國建，吳子秋，楊秀霞，叢日山，於苗苗: 短蛸血細胞的形態結構、類型、細胞化學特性及其吞噬活性研究, 山東大學學報，2007, 42(5): 79-85.
30. 樊廷俊，耿曉芬，叢日山，姜國建，於秋濤，付永鋒，王晶，於苗苗，楊秀霞. 大菱鮃（Scophthalus maximus）鰭細胞系的建立, 中國海洋大學學報, 2007, 37(5): 759-765.
31.樊廷俊，初建松：細胞生物學課程教學改革與教書育人的初步嘗試，中國大學教學，2003, 3: 25, 48.
32.樊廷俊，初建松：教書與育人初探，青島海洋大學高教研究，2001, 2:49-52.
33.樊廷俊:多媒體課件制作與多媒體教學方法淺析,青島海洋大學高教研究,2002,3:35-37.
(註：帶*者為通訊作者)
部分主要教材、著作：
1.《細胞生物學實驗》(第1版)：樊廷俊主編，中國海洋大學出版社，2006年。
2.《分子細胞生物學》(第2版)：韓貽仁主編，科學出版社，2001年，第2作者。
3.《分子細胞生物學》(第3版)：韓貽仁主編，高等教育出版社，2006年，第2作者。
4.《Progress and Prospects in Marine Biotechnology》：China Ocean Press, 2002, subeditor.