市財政部門負責科技三項費用的預算管理，聯合下達資金使用計劃，辦理資金撥付手續，跟蹤資金使用情況，進行監督檢查。
市審計部門應當對科技三項費用的使用進行審計和監督。
相關部門應根據各自職責協調科技三項費用的使用和管理。第七條市科技費用納入市級財政預算，占市財政預算支出的2%以上。第八條市科技費用主要用於設備購置、能源材料、測試外包、材料、印刷、租賃、差旅費、鑒定、驗收、管理費及其他與項目直接相關的費用。
市科技行政主管部門可以從當年科技三項費用總額中提取編制項目指南、組織項目調研、評審或評估、招標、項目監督、管理、後評價等過程中支付的費用。此項費用由市財政部門核定。第九條在本市行政區域內促進科學技術發展、實施科學技術項目和開展相關技術服務活動的單位和法人，可以向市科學技術行政部門申請科學技術三項經費。第十條申請市三大科技項目資助應主要提供:貴陽市科技計劃項目任務書、項目可行性報告(或項目建議書)、文獻檢索報告及其他相關材料。第十壹條市科學技術行政部門應當組織對科技三項資助項目的申請進行審查、評審或者評估，符合要求的，會同市財政部門下達科技三項資助項目資金計劃。
申請科技三項資助項目，必須簽訂專項科技項目合同。第十二條市科技三項費用實行無償使用的科技項目有:
(壹)社會公益科學技術項目；
(2)軟科學研究項目；
(三)農業科技開發和推廣項目；
(四)重大科技項目；
(五)基礎研究項目；
(六)對國民經濟發展具有長遠意義，暫時不能取得直接經濟效益的研究項目。第十三條市科技三項費用中實行部分無償或有償使用的科技項目有:
(壹)高新技術開發和產業化項目；
(二)科技成果的轉化和推廣；
(三)工業科學技術研究、試驗項目；
(四)新產品試制項目；
(五)專利技術實施項目；
(六)其他有望取得直接經濟效益的技術開發項目。第十四條利用市科技三費購買的資產屬於國有資產，必須納入項目(課題)依托單位的固定資產賬戶進行核算管理，資產處置按照國家有關規定執行。第十五條利用市科學技術研究項目形成的研究成果和知識產權，除涉及國家安全、國家利益和重大社會利益外，獎勵給研究項目承擔者。國家保留根據需要無償使用、開發和獲取利益的權利。第十六條對達到壹定水平、規模和效益的項目，原則上采取貼息方式，支持其利用銀行貸款擴大生產規模。第十七條市科技經費嚴格按照項目核算管理，建立預決算管理制度。項目承擔單位應設立專用賬戶，專款專用，不得截留或擴大使用範圍，不得挪作他用。第十八條市科技行政主管部門應對市級科技三項費用的使用實行全過程跟蹤管理，可以委托有資質的中介評估機構對項目進行跟蹤評估。第十九條項目承擔單位挪用專項資金的，除追回已撥付的資金外，市科技行政部門三年內不受理該單位申報的市級科技計劃項目。