（壹）辦公室
協助局領導組織協調機關政務工作；擬定機關工作計劃、工作總結和內部管理制度並監督實施；負責機關文電處理、會議組織、政務公開、政務信息和檔案管理工作；負責人大代表建議、政協委員提案辦理的分解落實工作；負責機關保密、保衛、安全、接待、後勤服務等工作；負責本系統勞動人事管理工作。
（二）財務科
負責本系統財務工作；負責固定資產登記入帳，定期參與固定資產的清理。
（三）法制宣教科
負責環境法制宣傳教育工作；負責綠色社區、學校等創建工作；負責環保新聞報道；負責本局行政處罰審核、行政復議和應訴工作；負責對環保法律法規、行政執法責任制貫徹情況實行監督檢查；負責局法制建設工作；負責企業環境行為信息公開化。
（四）環境影響評價科
組織對全市重大經濟和技術政策、發展計劃以及重大經濟開發計劃進行環境影響評價；負責工業類建設項目環境影響評價文件的審批；負責和配合查處擅建的工業類建設項目。
（五）行政服務科
負責審批非工業類建設項目環境影響評價文件的審批；負責和配合查處擅建非工業類建設項目；負責夜間建築作業許可的審批、核輻射項目、固廢轉移事項的審核；承擔排汙許可證辦理工作；建設項目環保審批的受理、建設項目試生產申請的受理、建設項目環保竣工驗收申請的受理；已批項目紅線圖的核準。
（六）汙染防治科
組織全市水環境保護工作；制訂市太湖流域水汙染防治工作計劃；負責汙染源限期治理工作；負責組織鞏固創建國家環境保護模範城市；負責各類環保合格證發放；負責審批汙染治理補助資金使用申請；負責重大汙染事故的通報、聯絡工作；承擔環境信息發布工作，織組編制《環境質量報告》和《環境狀況公報》。
（七）固體廢物管理科
負責固體廢物的監督管理；負責危險廢物的全過程環境管理和監督；負責固體廢物、有毒化學品處置、轉移等審核及機動車排放汙染物等方面的監管防治工作；負責固體廢物汙染事故的調查和有關的舉報、信訪調查調處工作。
（八）核與輻射安全監督科
負責轄區內放射性同位素與射線裝置使用單位日常監管工作；管理全市電磁輻射、放射性廢物處置；配合有關部門對電磁輻射源、放射源、核材料或核設施等環境安全進行監督管理；參與核汙染事故應急處置和調查。
（九）生態規劃科
編制環保發展規劃和年度計劃，參與編制全市可持續發展規劃；負責鞏固生態示範區及生態市創建成果、推進生態文明城市建設工作；指導生態農業建設；負責農村生態環境保護及城市環境綜合整治工作；管理生物技術環境安全；負責汙染源治理專項資金、防治基金和汙染治理補助資金工作；負責市長環境保護目標責任書及督查工作。
（十）汙染物排放總量控制科
負責全市審批權限內“三同時”建設項目驗收工作；負責汙染物總量減排工作；負責全市環境統計和汙染源普查工作；負責排汙權有償使用和交易工作。
（十壹）科技信息科
編制環保科技發展規劃、計劃；參與推行企業清潔生產審計及循環經濟工作；負責ISO14000認證和環境標誌認證等資質管理工作；負責本部門局域網、網站建設及維護和管理；負責局建設數字環保工作；負責重點汙染源自動監控系統的建設管理工作。