呂建以探索建立新型軟件方法學作為重大科學問題導向，長期堅持該領域的基礎研究、技術創新與應用實踐，在軟件基礎理論與方法、網構軟件方法學、新型軟件平臺及應用方面取得了系統性和創新性的成果，為中國軟件事業的發展作出了重要貢獻。
作為學術帶頭人，呂建教授的“面向Internet的軟件方法與技術”團隊於2005年和2007年分別入選“教育部創新團隊”和“國家自然科學基金委創新研究群體”；由他擔任主任的“計算機軟件新技術國家重點實驗室”於2007年與2012年連續兩次獲評信息領域優秀國家重點實驗室。 先後承擔國家973重大基礎研究計劃、國家863高技術、國家科技攻關計劃、國家攀登計劃、國家自然科學基金和國際合作等項目20余項。
他在國內外主要刊物與國際會議論文集上發表論文150余篇，授權專利11項，合著學術專著2部。 序號人員名稱刊物年份1呂建 馬曉星 陶先平 黃宇 余萍 許暢面向網構軟件的環境顯式化技術中國科學F輯20132鄒陽 呂建 曹春 胡昊 宋巍 楊啟亮上下文相關圖文法的表達能力分析軟件學報20123鄒陽 呂建 曾曉勤並行性挖掘的圖文法方法小型微型計算機系統20114呂建 馬曉星 陶先平 曹春 黃宇 余萍面向網構軟件的環境驅動模型與支撐技術研究中國科學F輯20085張康 呂建軟件可視化和信息可視化專刊前言 軟件學報20086楊芙清 呂建 梅宏網構軟件技術體系:壹種以體系結構為中心的途徑中國科學F輯20087王遠 呂建 徐鋒 張林壹種面向網構軟件體系結構的信任驅動服務選取機制軟件學報20088胡海洋 呂建 馬曉星 陶先平面向對象範型體系結構中構件行為相容性研究軟件學報20069梅宏 呂建軟件體系結構專刊前言 軟件學報200610呂建 馬曉星 陶先平 徐鋒 胡昊網構軟件的研究與進展中國科學F輯200611王遠 呂建 徐鋒 張林壹個適用於網構軟件的信任度量及演化模型軟件學報200612呂建 陶先平 馬曉星 胡昊 徐鋒 曹春基於Agent的網構軟件模型研究中國科學F輯200513馮新宇 呂建 曹建農通用的移動Agent通信框架設計軟件學報200314徐鋒 呂建 鄭瑋 曹春壹個軟件服務協同中信任評估模型的設計軟件學報200315李斌 呂建 朱梧基於情境演算的智能體結構 軟件學報200316陶先平 呂建 馬曉星 胡昊移動agent系統基準模型的研究電子學報200217李新 呂建 曹春 馮新宇 陶先平移動Agent系統的安全性研究軟件學報200218徐鋒 呂建Web安全中的信任管理研究與進展軟件學報200219馬曉星 呂建分布式Web服務器技術綜述 計算機科學200220呂建 張鳴 廖宇 陶先平基於移動Agent技術的構件軟件框架研究軟件學報200021呂建 費翔林未來軟件的呼喚記ISFST-99第四屆未來軟件技術國際學術會議計算機科學200022呂建 費翔林未來軟件的呼喚——記ISFST-99第四屆未來軟件技術國際學術會議 計算機科學200023李英軍 呂建 劉鴻儒SEIS++:壹個油氣勘探領域軟件建造和集成的模式語言計算機學報200024陶先平 呂建 張冠群 李新 董桓壹種移動agent結構化遷移機制的設計和實現軟件學報200025楊大軍 呂建基於數據分解的並發面向對象程序開發方法軟件學報200026呂建 費翔林 王靜英前進中的面向對象技術 計算機科學200027李英軍 呂建 於大川 馬曉星壹個層次式面向對象並行計算框架的設計電子學報200028呂建 陸陪 於大川支持多種並行計算模型的面向對象框架研究軟件學報199929李英軍 呂建面向對象科學計算工作空間管理框架計算機研究與發展199930李英軍 呂建 王宏琳面向對象應用框架在油氣勘探領域的應用研究軟件學報199931張鳴 呂建 楊大軍 陶先平基於雙層類結構的繼承異常處理方法 軟件學報199932陶先平 呂建 董桓 李新流動agent:壹種未來的分布計算模式計算機科學199933李英軍 呂建壹個科學計算領域的面向對象並行應用框架計算機工程與科學199834呂建數據精化規則的可靠與完備集研究中國科學F輯199735張家重 呂建 王誌堅 徐家福壹種圖形化對象式需求定義語言的設計軟件學報199636張家重 呂建 徐家福軟件需求工程述評 計算機科學199537呂建 費宗銘HOS規格說明的功能理解及其應用軟件學報199538呂建 徐家福NDSAIL系統的歸納結論正確性準則及其自動確認方法計算機學報199339呂建 徐家福從軟件功能實例規格說明到軟件功能形式規格說明的自動轉換 軟件學報199240費宗銘 呂建 王誌堅 陳道蓄 徐家福機器學習計算機科學199141呂建廣譜規格說明語言FGSPEC的設計 計算機研究與發展199142呂建算法設計自動化研究綜述 計算機科學1988