(壹)概念區別商業秘密是企業的財產權利，它關乎企業的競爭力，對企業的發展至關重要，有的甚至直接影響到企業的生存。商業秘密等知識產權可申請緊急保全。專利壹般是由政府機關或者代表若幹國家的區域性組織根據申請而頒發的壹種文件，這種文件記載了發明創造的內容，並且在壹定時期內產生這樣壹種法律狀態，即獲得專利的發明創造在壹般情況下他人只有經專利權人許可才能予以實施。在我國，專利分為發明、實用新型和外觀設計三種類型。(二)保護制度設立目的不同商業秘密是秘不示人的秘密武器，通過《反不正當競爭法》保護，目的側重於維護公平競爭。專利是國家授予的壹項合法壟斷權，通過《專利法》保護，目的側重於鼓勵創新。(三)保護範圍不同從對兩者的概念分析可以看到，商業秘密所涵蓋的保護範圍較為廣泛，包括技術信息及經營信息。只要當信息不能被歸為“發明、實用新型和外觀設計”時均可以作為商業秘密保護，包括但不限於設計方案、可獲得專利權的裝置或工藝手法，甚至可以是研發過程中的試驗記錄或是任何將來具有價值的其他信息。專利的保護範圍具有壹定的局限性，至少有壹部分信息是需要公開的，比如說明書、附圖、具體實施方式等。(四)取得方式及成本不同專利權基於申請的並經過行政機關公告授權取得，授予專利權的發明和實用新型應當具備新穎性、創造性和實用性並應當在授予專利權後向社會公開。發明專利的期限為二十年，實用新型和外觀設計的期限為十年(外觀設計有望改為15年)，期滿需要繳費來續期。(五)公開後果不同專利的取得是以公開為前提，是通過公開後取得權利保護。而商業秘密壹旦公開，就不再受到保護了。(六)侵權判定原則不同專利侵權通過判斷被控侵權技術方案是否落入專利權保護範圍來認定，主要是運用相同侵權或等同侵權等原則，被訴侵權技術方案的技術特征與權利要求記載的全部技術特征相比，缺少權利要求記載的壹個以上的技術特征，或者有壹個以上技術特征不相同也不等同的，人民法院應當認定其沒有落入專利權的保護範圍。商業秘密侵權判定的原則主要是相同或者實質相似+接觸-合法來源，與專利侵權判定不同的是需要判斷被控侵權人是否實際或可能接觸過權利人的商業秘密。
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