辦公廳、黨委組織部(人力資源部)、黨委工作部、紀委(監察部)、工會(群眾工作部)、財務管理部、規劃發展部、運營管理部、審計風險部、總調度部、安監局、生產技術部、機電環保部、工程管理部、國際業務部。
兗州煤業有限公司
兗州煤業股份有限公司是由兗礦集團控股的境內外上市公司，分別在香港、紐約、上海上市，1998。主要從事煤炭生產、洗選加工、煤炭銷售和鐵路運輸、煤化工、電力等業務。
職能部門:董事會秘書處、綜合部、人力資源部、計劃財務部、企業管理部、企業發展部、信息管理部、綜合調度部、風險管理部、生產技術部、安監局、地勘部、機電部、總防部、技術中心、地方企業辦。
兗州煤業總部:下轄兗州、冀東煤田，下轄興隆莊煤礦、鮑店煤礦、東灘煤礦、南屯煤礦、北宿煤礦、濟寧二號煤礦、濟寧三號煤礦(探明和估算儲量1.866億噸)、鐵路運輸處、物資供應中心、綜機管理中心、煤質運銷處、救護大隊。
全資子公司:兗州煤業山西能化有限公司(下轄山西和順天池能源有限公司、山西天浩化工有限公司)、兗州煤業榆林能化有限公司(下轄榆樹灣煤礦、兗州煤業榆林甲醇廠)、兗州煤業鄂爾多斯能化有限公司(下轄安源煤礦、文峪煤礦、石老烏素煤礦、營盤壕煤礦、轉龍灣煤礦、榮欣化工公司)。
絕對控股子公司:山東華聚能源有限公司(下轄東灘煤礦電廠、興隆煤礦電廠、鮑店煤礦電廠、濟二煤礦電廠)、兗州菏澤能源化工有限公司(下轄趙樓煤礦、萬福煤礦、趙樓綜合利用電廠)、兗州澳洲有限公司(下轄奧斯達煤礦、雅羅比煤礦、阿什頓煤礦、莫拉邦煤礦、格洛斯特礦區)
兗礦東華集團有限公司
兗礦集團東華有限公司下轄東華重工有限公司、東華建設有限公司、東華置業有限公司、東華物流有限公司四家子公司和東華商貿的壹個分公司，形成了機電維修、建築安裝、房地產、物流、商貿五大產業板塊。
管轄範圍:兗礦集團機電設備廠、兗礦東華建設有限公司、尹仲房地產有限公司、兗礦集團唐村實業有限公司、兗礦集團療養院、兗礦金通橡膠有限公司、山東新風光電子科技發展有限公司、兗礦集團大陸機械有限公司、兗州東方機電有限公司、山東兗礦物流有限公司、兗礦萬家樂超市等
兗礦事業發展公司
兗礦企業發展有限公司承擔著兗礦集團的物業管理、醫療衛生、新聞宣傳、員工服務保障、檔案管理、退休管理、社區治理、對外聯絡等多項重要職責。
管轄範圍:山東兗礦技師學院、社區管理中心、兗礦集團黨校、兗礦集團總醫院、兗礦集團第三醫院、退休中心、社區治理中心(武裝保衛部)、新聞中心、文體活動中心、檔案管理中心、對外聯絡處等。
兗礦煤化分公司
兗礦煤化工分公司是兗礦集團管理煤化工產業的專業化公司。
管轄範圍:山東兗礦國際焦化有限公司、兗礦魯南化工有限公司、兗礦郭虹化工有限公司、兗礦宜山化工有限公司、兗礦貴州開陽化工有限公司、兗礦煤化工供銷有限公司、兗礦克蘭煤焦化有限公司、濟寧凱模化工有限公司、兗礦煤化工工程有限公司、山東兗礦國拓科技工程有限公司等。
兗礦電鋁分公司
兗礦電鋁分公司是兗礦集團旗下煤電鋁行業的專業化公司。
管轄範圍:山東兗礦科奧鋁業有限公司、山東兗礦輕合金有限公司、山東兗礦碳素制品有限公司、山東兗礦三際電力有限公司、山東兗礦南屯電力有限公司、兗礦鋁業國際貿易有限公司等
兗礦貴州能化有限公司
兗礦貴州能化有限公司是由兗礦集團絕對控股，中國煤礦海外集團出資組建的具有獨立法人資格的中外合資企業。
轄區:楊家灣煤礦、對江煤礦、磨盤山煤礦、金沙龍鳳煤礦、五輪山煤礦、小屯煤礦、Faer煤礦、青龍煤礦等。
兗礦新疆能化有限公司
兗礦新疆能化有限公司是兗礦集團的全資子公司，全面負責兗礦集團在新疆的投資、生產和經營。
管轄範圍:兗礦新疆煤化工有限公司、五彩灣煤電籌建處、兗礦新疆礦業硫磺溝煤礦、兗礦新疆礦業力拓煤礦、兗礦新疆能化有限公司經貿分公司等。
陜西未來能源化工有限公司
陜西未來能源化工有限責任公司由兗礦集團有限公司、兗州煤業有限責任公司、陜西延長石油(集團)有限責任公司出資組建，於2011年2月25日正式註冊成立。
管轄範圍:煤間接液化項目，金雞灘煤礦。