1.根據現行增值稅暫行條例規定，小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務，實行簡易方法按照銷售額和征收率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額。應納稅額的計算公式:
應納稅額=銷售額×征收率
小規模納稅人增值稅征收率為3%。
還有不含稅銷售額和含稅銷售額的概念，換算公式為:應稅銷售額(不含稅銷售額)=發票金額(含稅銷售額)/(1+3%)。
所以妳應該按照應稅銷售額總額計算繳納增值稅，但稅務代理發票中繳納的增值稅，作為預繳稅金，允許在應納稅總額中抵扣。
第二，關於企業所得稅
企業所得稅壹般按月(季)預繳，年終匯算清繳。
企業所得稅適用25%的稅率，符合條件的小型微利企業，經主管稅務機關審核批準，可減按20%的稅率計算繳納。
企業所得稅有兩種征收方式，壹種是查賬征收，壹種是核定征收。
1.查賬征收按“實際利潤”和適用稅率計算繳納，實際利潤=以前年度待彌補損益總額-免稅收入-免稅收入。其中:利潤總額=營業收入-營業成本-營業稅金及附加-管理費用-銷售費用-財務費用+其他業務利潤+營業外收支+投資收益。
所以實際利潤並不是(1000-100)的概念，因為100並不代表妳公司實際的經營成本、費用和稅金(不含增值稅和企業所得稅)。
2.核定征收按照銷售(營業)收入*核定所得率*適用稅率計算繳納。其中，銷售(營業)收入包括應稅銷售額、其他業務收入和視同銷售額。核定所得率由主管稅務機關根據不同行業預先設定，壹般範圍在5%-30%之間。具體來說，妳公司應按照主管稅務機關確定的所得稅率計算，稅率為25%，但20%的稅率不適用於核定征收。
因此，如果主管稅務局認定妳公司核定所得率為10%，那麽妳公司應繳納企業所得稅=10000*10%*25*=250元。
同樣，在稅務代理發票上繳納的企業所得稅，作為預繳稅金，允許在全部應納企業所得稅中抵扣。