在研發方面，公司始終堅持“填補國內疫苗空白，提升疫苗產業”的研發戰略，將創新作為公司最重要的核心競爭力因素。R&D費用連續多年投入1000多萬元，保證了技術研發和成果推廣應用的順利進行。成立九年來，通過自主研發，成功開發了壹系列極具市場價值的疫苗產品。目前，公司已獲得生產批準文號，上市銷售“B型流感嗜血桿菌結合疫苗”和“A、C群凍幹腦膜炎球菌多糖結合疫苗”兩個產品；有兩個產品已完成臨床研究總結和試制，正在申請生產批件，如“凍幹A C W135 Y群腦膜炎球菌多糖疫苗”；有兩個產品已完成臨床研究總結，正在GMP生產車間建設，如“無細胞百白破聯合疫苗”；臨床研究中有1個產品；五種疫苗已被接受並註冊進入臨床研究。此外，還有十幾種疫苗產品在研，大部分是替代國內市場的“升級產品”或“國外已廣泛使用但國內尚未國產化的產品”。在疫苗研發和質量控制技術方面，公司已獲得六項發明專利證書。
2007年9月，公司首個自主研發的產品“B型流感嗜血桿菌結合疫苗”獲得SFDA批準，並在玉溪疫苗生產基地成功投產。公司實現了從科研機構到集科研、生產、營銷為壹體、產業鏈完整的新興疫苗企業的歷史性轉變。2009年9月，公司第二個具有自主知識產權的產品“凍幹腦膜炎球菌多糖結合疫苗”獲準上市銷售。未來幾年，公司將不斷向市場推出壹系列結構優良、市場前景巨大的疫苗產品。