證券存管的原理是對股票、基金、無紙化國債等記名證券進行集中存管，根據各股東開立的證券賬戶，以計算機簿記的形式記錄存管證券的數量及變動情況。證券存管後，實行非流動性制度。對於股權、債權變動導致的證券轉讓，不發行實物證券，而是通過賬面轉讓。
中國現行的證券存管制度
1.上海證券交易所目前實行中國證券登記結算有限責任公司上海分公司(以下簡稱“上海證券登記結算公司”)統壹托管、證券公司法人集中托管、投資者指定交易的制度。
即除上海證券登記結算公司統壹托管投資者證券資產及相關資料、辦理相關證券存管業務外，證券公司以法人為單位設立證券存管，集中管理所轄客戶的證券資產及相關資料，辦理掛失查詢等相關業務。投資者只能在證券營業部辦理證券賬戶的指定交易後才能買賣證券。投資者在證券營業部更換證券時，必須在原證券營業部申請取消指定交易，然後轉入證券營業部。
指定交易是指投資者在與某營業部簽訂協議後，指定該機構為自己買賣證券的唯壹交易點。從1998年4月1日起，上交所開始全面實行指定交易制度。
全能指定交易制度是指所有在上海證券交易所交易市場從事證券交易的投資者，應事先明確指定壹家證券營業部作為其委托結算機構，並在交易前在該機構席位號指定自己的證券賬戶的制度。本制度實施後，投資者不辦理指定交易的，上交所計算機系統將自動拒絕其證券賬戶的交易申報指令(從事b股交易的境外投資者除外)，直至投資者完成指定交易手續。
投資者辦理指定交易的登記確認程序如下:首先，投資者向證券公司提出申請，經證券公司同意後，雙方簽訂《指定交易協議》；其次，證券公司按照約定將證券賬戶的指定交易指令上報上交所計算機主機；第三，交易所計算機主機接受申報，當日收市後，發出帶有確認號的指定交易確認返回，證券賬戶指定交易自下壹個營業日起生效。
已選擇指定交易的投資者有權根據需要向證券營業部變更其指定交易所，證券營業部不得以任何理由拖延或拒絕，但投資者未履行交易結算責任及其他違約行為除外。
2.深圳證券交易所證券存管系統
深交所分別實行中國證券登記結算有限責任公司深圳分公司(以下簡稱“深圳證券登記結算公司”)和證券營業部兩級托管制度，也稱托管證券公司制度。
即:深圳證券登記結算公司統壹保管投資者的證券資產及相關資料，辦理相關證券存管業務；同時，證券營業部將為托管證券公司設立證券存管處，負責托管其客戶的證券資產及相關資料，並辦理相關查詢和掛失業務。
深交所托管證券公司的制度可以概括為:自動托管、隨處通用買入、隨處買賣、無限轉。
即投資者在深圳市場持有的證券需要委托給其選擇的證券營業部，由證券營業部管理其名下的詳細證券信息，因此自動實現投資者的證券托管。
投資者在任壹證券營業部購買證券時，這些證券將自動托管在該證券營業部，投資者可以使用同壹個證券賬戶在中國境內的任壹證券營業部購買證券。
投資者要賣出證券，必須到證券托管營業部(哪裏買，哪裏賣)。
投資者也可以將其托管的證券從壹個證券營業部轉移到另壹個證券營業部，稱為轉托管。再保管可以是壹個或多個證券，或者部分或全部證券。
投資者在原托管證券營業部申請重新托管，營業部向交易所提出報價，交易所將在當日(T日)收市後立即進行賬戶處理，同時將處理結果傳送給轉出證券營業部和轉入證券營業部。第二個交易日(T+1)，投資者可以在證券營業部(新托管證券營業部)賣出證券。