從65438到0999，神州信息在由中華人民共和國國家稅務總局牽頭、世界銀行貸款的“中國稅收征管信息系統(以下簡稱CTAIS)”開發項目中中標，並於2000年成功發布第壹版。“中國稅收征管信息系統”是神州信息在稅務領域近18年經驗和智慧的結晶。是國內唯壹完全按照中華人民共和國國家稅務總局發布的稅收征管業務規則開發並能及時跟蹤其更新進程的稅收征管應用軟件。至此，CTAIS形成了較為完整的稅收征管解決方案，提供基於兩層和三層架構的兩個版本，涉及核心征管、管理監控與決策、外圍應用三個層面，覆蓋基層、市局、省局三級稅務機構。
2001年，“中國稅收征管信息系統的開發與完善”被列為中科院“知識創新工程”首個重大項目，由企業主持，是唯壹面向應用的項目。通過該創新項目的實施，神州信息在“CTAIS大規模推廣和版本升級、新壹代稅收征管軟件整體框架開發、新壹代稅收征管軟件設計開發”等方面不斷取得新的成果，軟件的性能和產品化程度顯著提升。新壹代稅收征管軟件在“以稅收業務為核心的多層次、開放的系統架構(基於J2EE和組件開發)”、“業務流程的柔性管理和動態重組”、“超大型信息系統實現的方法論研究”等方面取得創新成果，獲得北京市首屆優秀軟件組件評選壹等獎和新壹代稅收征管軟件著作權。
目前，CTAIS已在全國大部分省市成功上線，涉及的稅收收入約占全國稅收收入的70%。無論是在沿海開放城市(如深圳)、超大型直轄市(如北京)、中等水平省份(如安徽)還是經濟欠發達的西北省份(如新疆)，CTAIS都能根據經濟基礎、信息化建設基礎和管理要求的差異，量身定制全面的稅務信息化解決方案，從而使中國信息獲得了廣泛的稅收。
CTAIS憑借其先進的技術水平和優秀的軟件系統，連續兩年被中國軟件行業協會推薦為年度中國優秀軟件產品，並獲得北京市科技進步二等獎。