1，分工
證監會各業務處室負責本處室業務範圍內證券期貨違法行為(未立案)的查處。
證監會稽查局(以下簡稱稽查局)負責組織查處證券期貨大案要案、涉及幾個處室的綜合案件、跨省跨部門的綜合案件和證監會領導交辦的證券期貨案件。稽查局也可根據相關規範，將部分案件移交地方證券期貨監管部門調查處理。
2.立案
任何單位和個人不得受理對證券期貨違法行為的投訴和檢舉。證監會各部室對其他單位上報或轉交的材料以及日常監管中發現的問題，應及時進行審查或初步調查。經審查或者初步調查，認為需要立案偵查的，應當填寫立案建議書，並附相關材料(控告材料、檢舉材料等))報分管副主席批準，稽查局立案偵查。已經備案的證券期貨案件，情節嚴重需要采取緊急措施的，經證監會主席或者主席授權的副主席批準，可以依法暫停被申請人從事證券期貨業務或者采取其他措施。
3.調查
對於已經立案的證券期貨案件，應當根據案件情況指定專人或者調查組進行調查。調查取證應當有兩名以上調查人員參加。辦案人員認為自己與本案有利害關系或者有其他關系的，應當申請回避。被申請人認為調查人員與本案有利害關系或者有其他關系可能影響案件公正處理的，有權申請有關人員回避。調查時，調查人員應當出示工作證和中國證監會的文件。偵查人員應當按照法定程序收集證據，認真審查證據，對證據有疑問的，應當重新收集或者補充證據。被申請人拒不接受調查或者經兩次法定通知仍拒不執行向中國證監會報送有關文件和資料的命令的，中國證監會可以依法暫停其證券期貨業務。偵查人員在案件偵查過程中應當嚴格遵守保密制度。
4、加工
經調查，發現被調查人沒有違法違規行為，經證監會主席或主席授權的副主席批準，不予立案；情節輕微，被申請人已經承認錯誤並妥善處理善後事宜的，經證監會主席或者主席授權的副主席批準，可以依法酌情處理。稽查局對查證屬實的證券期貨違法行為提出處罰意見；對重大違法違規案件，稽查局應與相關部門集體討論，提出處罰意見。
證監會作出行政處罰決定前，稽查局應當依法告知當事人作出行政處罰決定的事實、理由和依據。並告知當事人依法享有的權利。當事人要求聽證的，中國證監會應當依法履行聽證程序。當事人在聽證答辯中提出新的證據，可能導致處罰意見變更的，稽查局應當及時向分管副主席報告，重新研究處罰意見。當事人不要求聽證或者在聽證答辯中不提出新的證據又不改變處罰意見的，稽查局還應當及時向分管副主席報告，並正式下達和執行證監會的處罰決定。
5.履行
稽查局負責執行證監會對證券期貨違法案件的處罰決定。當事人對證監會的處罰決定不服的，可以在收到處罰決定書之日起15日內向證監會提起行政復議；也可以自收到處罰決定之日起3個月內，直接向有管轄權的人民法院提起行政訴訟。復議和訴訟期間，處罰決定不停止執行。