如果環境不斷變化或不確定，組織需要有復雜的行為來滿足環境的要求。在復雜環境中，組織單元中有許多“代理人”。智能體可以根據自己的活動決定自己未來的行為，並與其他智能體和環境建立關系。為了尋求有益的結果，壹個主體與其他主體相互之間形成壹定的群體關系，表現為不同的組織結構和層級。金融系統作為壹個主體，隨著時間不斷演化，出現自組織行為。金融系統的自組織是指其成員在學習外部環境的變化後，在競爭與協調機制的作用下，進行自我調整，適應新環境的過程。金融系統與其他自組織系統交換信息、能量和物質，實現共生，形成共生體。在共生體中，各個系統調整自己的個體自主性，相互交流滲透，建立新的協調系統。因為銷售、生產、財務系統之間有明確的職責分工，所以需要招聘能夠從企業整體角度理解運營的會計人員。比如營銷經理需要客戶和廣告效果的完整信息，從而做出經營決策，這可能與財務經理的職責履行相沖突。這就需要財務系統和營銷機構共同處理壹些項目，共同研究客戶分類，使業務流程與信息流程相匹配，縮短應收賬款的周轉期；財務經理配合物流部門，保持財務流程和物流同步，減少營運資金占用，最大限度提高運營效率。財務系統、運營系統和公司治理的交叉主要表現在戰略規劃和監督上，它們之間的互動促進了運營和治理的效率。
企業的快速成長通常會導致財務系統功能失調，按業務單元設置財務系統的情況會減少。這是因為財務系統的功能與生產管理和購銷過程以及財務流程(交易處理、計劃等)緊密結合在壹起。)需要根據產品和客戶核算/價值鏈建立，組織結構和控制體系需要重新審視。比如管理制度先進的企業，要完善財務體系結構，建立以客戶為中心的財務體系或集中的財務共享中心(結算中心等。)按照“財務流程簡化-標準化-共享服務中心-業務外包”的開發流程。將核心業務集中化，使會計人員可以專註於關鍵業務，而不是監督業務流程或員工。財務共享中心整合財務流程，處理票據、結算業務等。，目的是消除或降低財務系統的運行成本，提高對供應商、合作夥伴等單位的信息反饋能力。如果不與其他業務部門溝通，不能幫助企業的發展，高級財務經理就很難為戰略的實施做出貢獻。在先進的跨國公司中，經營者層面的財務系統的重點已經從業務處理和內部控制轉向決策支持，並開始關註財務系統的改革。公司治理的效率可以有效化解分歧、凝聚力量，降低利益相關者的治理成本並在企業價值的增加中獲得相應的回報，實現科學決策和經營的效率。當公司治理風險增大，治理成本增加時，金融系統、投資者、經營者等主體在這壹復雜的企業系統中相互交換信息和能量，引入新的要素或整合原有機制，通過它們的相互影響和相互作用，產生治理耗散，抵消內部正熵值，形成更加有序的互動共生的治理關系。投資者追求企業價值最大化，獲取投資回報，防範治理風險，經營者希望實現預定的經營目標，財務系統要規避財務風險。這三者之間存在客觀沖突，但通過財權的合理分配和相互協調，可以實現共生，提高治理效率和運營效率。
在公司治理中，需要建立評價和預警機制，關註組織面臨的治理風險，用戰略目標指導運營體系和財務體系的自組織發展，從而實現科學決策或及時糾正錯誤決策。商業環境的復雜性要求商業系統掌握必要的材料、能量和信息，並自我適應和組織以實現商業效率。然而，商業環境的復雜性增加了競爭壓力，促使經營者追求過度擴張，造成資金缺口，這是許多企業衰落的主要原因，而規模的擴大導致控制的復雜性增加，進而產生道德風險和代理成本。公司治理的自組織和自適應行為導致經營者層面的財務系統對財務控制實施重新控制，表現為在董事會中設立審計委員會或財務委員會，引入具有會計專業背景的獨立董事或監事，任命財務總監，提高內部審計獨立性。金融體系在治理層面的治理強度主要取決於公司治理風險、金融風險和金融體系的運行效率。當治理風險增大(極端表現為財務舞弊)或治理效率降低時，財務風險增大，財務系統運行效率低下(表現為財務控制失靈，會計信息質量下降等。)，治理強度增加，公司治理與金融體系的重疊區域擴大。
治理層財務體系註重財務治理與控制，涉及財務戰略規劃與監督、重點業務監控、財務報告與審計、財務風險預警、會計政策的合理選擇、法律法規執行情況的檢查等。通過財務治理，可以使財務決策更加科學，保證財務生存能力，提高會計信息質量，維護企業信用，實現利益相關者的財務收益目標。公司治理離不開治理主體財務治理權的界定和協調。調整公司治理結構意味著財權(財務制度制定權、投融資決策權、預決算審批和審核權、資金調度權、財務信息披露權等。)將在公司治理主體之間以及治理主體與經營者之間進行再分配。公司治理很重要，但治理和管理需要結合起來，而財務制度是公司治理和管理之間的橋梁和紐帶。兩個層次的金融體系都可以看作是代理人。在金融系統的這個系統單元中，兩個層次的代理人都會根據自己的目標以及與其他代理人和環境的關系來決定自己未來的行為。下級對上級來說是壹種自組織狀態，上級金融系統鼓勵和利用下級系統的自組織發展，使金融系統保持有效，形成更加有序的結構。這兩個層次的金融體系構成了壹個反饋回路。自下而上的反饋叫正反饋，自上而下的反饋叫負反饋。根據復雜科學理論，正反饋是壹種強化行為，可以使系統自我放大，逐漸擺脫原來的狀態；負反饋可以抑制正反饋的無限增長，體現為高層組織為維持組織平衡和穩定而采取的各種治理和管理措施。公司治理主體使用會計系統和治理系統在經營者層面監督財務系統，如董事會向公司任命財務總監或進行內部審計。
治理層面的財務系統和經營者層面的財務系統通過非線性關系相互作用，既有沖突又有協同，使得沖突成為組織變革的動力，推動整個財務系統成為壹個有機整體。比如高級財務經理在財務流程下遊環節(成本規劃和預算、業務處理、稅務等)所花費的時間。)會逐漸減少，而花在上遊環節(財務戰略、投融資管理、處理與董事會、高管、投資人的關系)的時間會增加。企業組織結構簡單時，財務系統是會計機構，重視成本核算、業務結算和計稅。隨著組織的復雜化(規模擴大、分支機構增加、跨區域經營等。)和管理要求的提高，使會計財務制度轉變為以資金管理為核心，以預算控制為手段實施財務管理的管理型財務制度。由於利益相關者的增加，委托代理關系的多元化和多層次性導致了公司治理的復雜性，表現為治理邊界的擴大(從單壹公司治理到企業集團治理)、治理主體的增加、公司治理自組織行為的擴大，形成了治理財務系統。治理型財務體系的主要任務是從戰略和財務安全的高度為決策提供支持，綜合分析業務活動和財務活動，評價內部控制的有效性，監督資金運行，防範財務風險和治理風險(見圖2)。