非上市公司股權激勵主要通過股權轉讓和增資擴股兩種方式授予:
1，股權轉讓，
法人股東向激勵對象轉讓股權的，按照25%的稅率繳納企業所得稅。自然人股東向激勵對象轉讓或贈與股權的，根據《股權轉讓個人所得稅管理辦法(試行)》第四條，應納稅所得額=股權轉讓收入-股權原值-合理費用；以財產轉讓所得為基數，稅率為20%。需要特別註意的是，非上市公司在股權轉讓的激勵下，有時會采用股權捐贈或者以極低的價格轉讓股權。此時，轉讓價格可能會被稅務機關發現明顯偏低，並進行調整。面對上述潛在的稅負成本，非上市公司股權激勵的時機應盡可能在公司凈資產較低時完成激勵股權的分配。
2.增資擴股時，主要問題是以知識產權的價格增資和資本公積轉增資本的稅負問題。
(1)知識產權增資，
激勵對象以知識產權增資時存在兩種法律關系:壹是激勵對象與公司之間的增資協議法律關系；二是無形資產轉讓的法律關系。
激勵對象以無形資產投資的，按照“財產轉讓所得”項目繳納個人所得稅，即20%。
激勵對象應在增資次月的15日內向主管稅務機關申報納稅。激勵對象壹次性納稅有困難的，可在合理確定分期方案並報主管稅務機關備案後，自增資之日起不超過五個日歷年(含)內分期繳納個人所得稅。
(2)資本公積金轉增股本:
激勵對象以公司未分配利潤或公積金取得公司股權的，原則上應繳納個人所得稅。
激勵對象無需繳納個人所得稅的特例只有壹種，即股份制企業資本公積轉增股本不屬於股息紅利分配，個人取得的轉增股本金額不作為個人所得，不征收個人所得稅。