1.公司的惡意罰款處理如下:
(1)勞動者可以公司克扣工資為由向當地主管勞動監察大隊舉報投訴；
(2)可以直接申請勞動仲裁，要求單位返還被惡意罰款的錢；
(3)提起勞動仲裁委員會申請勞動下料，追究用人單位的民事責任。
2.法律依據:《中華人民共和國勞動法》第五十條
股東人數少或者規模小的有限責任公司可以不設董事會，設執行董事。執行董事可以兼任公司經理。
執行董事的職權由公司章程規定。
第五十壹條
監事會的設立和組成有限責任公司設監事會，其成員不得少於三人。股東人數較少或者規模較小的有限責任公司，可以不設監事會，設壹至二名監事。
監事會應當包括適當比例的股東代表和職工代表，其中職工代表的比例不得低於三分之壹，具體比例由公司章程規定。監事會中的職工代表由公司職工通過職工代表大會、職工代表大會或其他形式民主選舉產生。
監事會設主席壹人，由全體監事過半數選舉產生。監事會主席召集並主持監事會會議；監事會主席不能履行職務或者不履行職務的，由半數以上監事共同提名壹名監事召集和主持監事會會議。
董事、高級管理人員不得兼任監事。
二、如何處理不合理罰款
1.勞動者可以與用人單位協商，也可以要求工會或者第三方與用人單位協商達成和解協議；
2.勞動者可以向勞動仲裁委員會申請仲裁；
3.如果對仲裁結果不服，可以向人民法院提起訴訟。申請勞動爭議仲裁的時效期間為1年，自當事人知道或者應當知道其權利受到侵害之日起計算。