公司內部的股權變更其實就是股東之間的股權相互轉讓，個人股東在公司內部變更股權要繳納20%的個人所得稅。自然人股權轉讓，轉讓方需要按照財產轉讓所得征收個人所得稅。個人轉讓股權，以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用後的余額為應納稅所得額。壹般來說，公司內部的股權變更是需要納稅的。公司內部的股權變更其實就是股東之間的股權相互轉讓，個人股東在公司內部變更股權要繳納20%的個人所得稅。
公司股權的變動過程如下:
1，拿到公司變更登記申請表，填好並加蓋公章；
2.到工商局登記大廳辦理營業執照變更；
3.攜帶公司營業執照復印件等材料到質監局變更組織機構代碼證；
4.去稅務局變更稅務登記證；
5.攜帶銀行變更通知，到公司基本賬戶開戶銀行變更銀行信息。
綜上所述，公司股東權益變動是要納稅的，股權已實質性轉讓，轉讓方已相應獲得報酬或被免除責任，故應屬於股權轉讓行為，個人所得應按規定繳納個人所得稅。股權轉讓的效力與變更登記無關。股權轉讓應當按照公司章程和法律規定的程序進行，出於當事人真實意思表示且不違反法律的，該轉讓行為有效。股權轉讓後，公司將註銷原股東的出資證明書，向新股東簽發出資證明書，並相應修改公司章程和股東名冊中股東及其出資額的記載。
法律依據:
《中華人民共和國個人所得稅法》第三條
個人所得稅稅率:
(壹)綜合所得，適用3%至45%的超額累進稅率(稅率表附後)；
(二)經營所得，適用5%至35%的超額累進稅率(稅率表附後)；
(三)利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得，偶然所得，適用20%的比例稅率。