所謂核算不完善，就是不能正確計算銷項稅、進項稅和增值稅應納稅額。小規模納稅人壹般只能開具普通發票，不能開具增值稅專用發票。但是，小規模納稅人向壹般納稅人銷售貨物或者應稅勞務，在買方要求賣方提供增值稅專用發票時，稅務機關可以為其開具增值稅專用發票。
審核可以通過以下方法進行檢查和驗證。
1.查看“其他應付款”等往來款項的貸方發生額，查看相關會計憑證，看是否屬於成本外費用。如果是價外費用，看是否按規定計提了銷項稅。
2.檢查“應付福利費”、“盈余公積”等科目的貸方發生額，關註企業是否在未根據相關會計憑證計算銷項稅額的情況下，將多發生的費用轉入上述科目。
3.檢查“其他業務收入”、“營業外收入”等科目的貸方發生額，看是否包含銷售貨物或應稅勞務向買方收取的價外費用，是否已按規定計提銷項稅額。
擴展數據:
小規模納稅人的征稅方式
小規模納稅人的征收方式主要有三種:查賬征收、查賬征收和定期定額征收。
查賬征收:稅務機關根據納稅人提供的賬目反映的經營情況和適用的稅率計算納稅。這種方法壹般適用於財務會計制度比較健全，能夠認真履行納稅義務的納稅單位。
核定征收:稅務機關根據納稅人生產的應稅產品的從業人員、生產設備、原材料等情況核定其核定產量和銷售額，並據此征收稅款。這種方法壹般適用於賬本不夠健全，但能控制原料或銷售的納稅人。
定期定額征收:稅務機關通過典型調查，逐筆確定營業額和收入，並據此征收稅款的方式。這種方法壹般適用於沒有完整評估依據的小型納稅單位。
參考資料:
百度百科-稅務審計
參考資料:
百度百科-小規模納稅人