船公司可以自行申報，也可以委托其船代申報。第三條申報運價生效後，HKEx應當向社會公布。第四條申報運價分為公布運價、復合運價和協議運價。
公布的運價是指船公司的運費書中規定的運價。
多次運價是指單航次有壹定集裝箱體積時的運價。
約定運價是指船公司與托運人約定的運價。第五條運價備案應當同時備案附加費和傭金。第六條運價應按CY/CY術語申報。如因船公司以外的原因不能按CY/CY條款申報，應予以說明。第七條關稅備案應當使用統壹的關稅備案表(見附表)。第八條運價備案應當提供運價協議副本、提單格式、貨物歸類說明等相關資料。第九條運價、附加費和傭金的調整應當重新申報。第十條在已報運價生效前，船公司不得提出新的運價調整要求。第十壹條運價協議應當載明航線、目的港、期間、集裝箱體積、運價等內容。第十二條協議運價生效後30日內，其他托運人可以在同等條件下提出後續要求。第十三條船公司申報的運價不得超過航空交易所公布的最低和最高限價。第十四條船公司取消航線，應提前10天通知航運交易所。航空交易所取消航線當天的報運費。第十五條關稅備案程序是:
(壹)船公司將填寫的運價備案表及相關資料提交給航空交易所。
(二)航空交易所應當在收到貨運備案表及相關材料的次日起2個工作日內出具備案回執。
(3)航空交易所在出具備案回執後4個工作日內未對所報運價及相關材料提出異議的，運價備案予以受理。
(4)航交所對所報運價及相關材料提出異議的，船公司應在航交所提出異議的次日起5個工作日內予以答復，否則運價備案無效。第十六條已接受的備案運價，自航空交易所出具備案收據的次日起，在下列時間生效:
(1)公布30天的運價和多種運價。
(2)約定運費為7天。
(3)新開航線和恢復航線2天。
(4)附加費調整為15天。
(五)非船公司原因造成的附加費調整7天。第十七條船公司或者船務代理機構應當在貨運單上載明運費和各項附加費。
使用協議運價的，應當在貨運單上註明貨運協議號。第十八條船公司應當執行有效的註冊運價。第十九條HKEx可以對航運公司執行運價備案情況進行抽查。第二十條航空交易所不得公布航運公司貨運協議發貨人的名稱。第二十壹條未向航空公司交易所申報運價或者申報運價不實的，根據情節給予警告，處5萬元以下罰款，並責令停飛航線。第二十二條阻礙空中交通交易所運價調查的，給予警告，處二萬元以下罰款。第二十三條違反本實施辦法，由交通部上海、浙江、江蘇省交通主管部門予以處罰。第二十四條本辦法由交通部負責解釋。第二十五條本實施辦法自發布之日起施行。