國家自然科學基金委員會是管理國家自然科學基金的國務院直屬機構。自成立以來，在黨中央的關懷下，在國務院的正確領導下，在國務院有關部門和全國科學家的支持下，科學基金工作突破了計劃經濟體制下科研經費依靠行政撥款的傳統管理模式，全面引進和推行先進的科研資助模式和管理理念，確立了“依靠專家、發揚民主、扶優扶強、公平合理”的評審原則。建立了“科學民主、平等競爭、鼓勵創新”的運行機制，建立健全了決策、執行、監督、協商協調的科學基金管理體制，形成了“公正、敬業、團結、創新”的委員會作風，充分發揮了我國自然科學基金對基礎研究的“導向、穩定、激勵”功能，不斷發展和完善了基於學科體系的價值評估和績效評估。同時，根據新時期我國科技工作的原則、方針和思路，根據全面建設小康社會的戰略需要，從國家創新體系的總體部署出發，確定了自然科學基金在國家創新體系中的戰略定位:“支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用。”