(1)公司是否獨立運營；股東大會、董事會和監事會是否有效制衡；董事、監事是否按照有關法律法規和《公司章程》的規定履行職責，特別是獨立董事是否獨立、客觀、公正地發表意見；公司原始會議記錄和相關會議紀要是否真實、準確、完整，是否按規定歸檔。
(2)公平交易制度的構建與實施(1項)。檢查公平交易分析的方法及其有效性，是否有違反公平交易的行為；公司管理的不同性質的資金賬戶是否遵循公平交易原則。
(3)重大關聯交易實施情況(2項)。檢查基金管理人是否運用基金財產買賣基金管理人、基金托管人、其控股股東、實際控制人或者有其他重大利害關系的公司發行的證券或者承銷期內承銷的證券，是否從事其他重大關聯交易，是否遵循基金份額持有人利益優先原則，是否存在利益輸送，是否履行信息披露義務等。
(4)公司員工特別是投資者、研究人員及其配偶、利害關系人的管理制度是否健全有效，是否存在利用基金未公開信息獲取利益的情形(3項)。
(5)基金公司投資決策的依據，是否違反了公司的規定和投資決策流程(4項)。比如按照規定，每個基金公司的基金經理的權限都有壹定的授權。在實際操作中，基金經理的授權是否被突破，基金經理的交易是否突破了股票池的管理。
(六)風險管理體系是否覆蓋不同的風險控制環節；是否涵蓋各類產品和業務的各類風險管理；是否覆蓋了基金運作和公司日常管理的主要業務風險，特別是投資風險、後臺操作風險和信息科技系統風險；是否建立了有效的子公司業務風險管理制度、母子公司業務防火墻制度和關聯交易制度，以防範可能的風險傳導、利益沖突和利益輸送。